More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1371 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  100 
 
 		 232 aa  483  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  99.14 
 
 		 232 aa  480  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  98.71 
 
 		 232 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  99.14 
 
 		 232 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  99.14 
 
 		 232 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0918048 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  90.41 
 
 		 220 aa  425  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  90.41 
 
 		 220 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  90.41 
 
 		 220 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  89.95 
 
 		 220 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  89.5 
 
 		 220 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  89.95 
 
 		 220 aa  423  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  89.95 
 
 		 220 aa  423  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  89.95 
 
 		 220 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  90.37 
 
 		 220 aa  422  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  85.39 
 
 		 220 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  60.09 
 
 		 222 aa  274  8e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  50.23 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.12 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.24 
 
 		 240 aa  115  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.56 
 
 		 240 aa  112  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.44 
 
 		 269 aa  101  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6608  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.86 
 
 		 262 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0307436 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  26.81 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  27.08 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  37.18 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.32 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  30.32 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.4 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.36 
 
 		 565 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  29.88 
 
 		 1435 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.68 
 
 		 570 aa  73.9  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  32.18 
 
 		 1367 aa  73.2  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  32.18 
 
 		 1367 aa  73.2  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  24.88 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  27.04 
 
 		 1433 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  29.88 
 
 		 1444 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  26.02 
 
 		 970 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  32.34 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  26.02 
 
 		 1433 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  26.53 
 
 		 1433 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  32.48 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.71 
 
 		 1440 aa  69.7  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  32.57 
 
 		 617 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  31.82 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.06 
 
 		 1442 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  30.34 
 
 		 645 aa  68.9  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.93 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.52 
 
 		 230 aa  68.9  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 		 342 aa  68.9  0.00000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  32.94 
 
 		 566 aa  68.2  0.00000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  28.98 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 921 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  31.25 
 
 		 630 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  31.25 
 
 		 630 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  31.25 
 
 		 630 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 		 1433 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  27.75 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.21 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  32.12 
 
 		 560 aa  67.4  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  31.06 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.36 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  29.52 
 
 		 1436 aa  65.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  30.38 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.52 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30 
 
 		 1407 aa  65.9  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  29.52 
 
 		 1438 aa  65.9  0.0000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  29.52 
 
 		 1438 aa  65.9  0.0000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 		 610 aa  65.1  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  26.61 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.14 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  26.61 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  27.14 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.84 
 
 		 729 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 		 479 aa  64.7  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  33.14 
 
 		 578 aa  64.7  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 		 205 aa  65.1  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  30.54 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  32.28 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.18 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.29 
 
 		 578 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.61 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.45 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>