73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1713 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 293 aa  608  1e-173  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  36.21 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  36.3 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  35.59 
 
 		 276 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  34.36 
 
 		 326 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  33.22 
 
 		 326 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  35.6 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  35.54 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  35.6 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.56 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.43 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  31.86 
 
 		 326 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34 
 
 		 312 aa  148  9e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  36.17 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.56 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.83 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.45 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.52 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  30.45 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.12 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.19 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.92 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.93 
 
 		 276 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 		 270 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.63 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  28.45 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 978 aa  58.5  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.25 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.9 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 		 228 aa  53.5  0.000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.17 
 
 		 292 aa  52  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.31 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.7 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.36 
 
 		 1367 aa  51.6  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.36 
 
 		 1367 aa  51.6  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 		 921 aa  51.6  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  24.28 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf732  DNA polymerase III PolC  28.49 
 
 		 1438 aa  49.3  0.00009  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.02 
 
 		 212 aa  48.5  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1173  Oligoribonuclease  35.29 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.376915  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.57 
 
 		 239 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.57 
 
 		 229 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  27.17 
 
 		 217 aa  48.1  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  24.48 
 
 		 250 aa  48.1  0.0002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.52 
 
 		 229 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  28.25 
 
 		 1447 aa  47  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  30.56 
 
 		 242 aa  46.2  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 864 aa  45.8  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 252 aa  45.8  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0261  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.01 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  33.64 
 
 		 1402 aa  45.4  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  26.47 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0928  hypothetical protein  28.14 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.318352 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  26.11 
 
 		 1440 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  29.82 
 
 		 256 aa  45.1  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  27.57 
 
 		 1433 aa  44.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.52 
 
 		 952 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 225 aa  43.5  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.18 
 
 		 1426 aa  43.5  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  29.8 
 
 		 227 aa  43.5  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  33.67 
 
 		 245 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.76 
 
 		 242 aa  42.7  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.35 
 
 		 238 aa  42.7  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.74 
 
 		 231 aa  42.7  0.008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 		 547 aa  42.4  0.008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 240 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.49 
 
 		 234 aa  42.4  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.56 
 
 		 966 aa  42.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 		 234 aa  42.4  0.009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.65 
 
 		 392 aa  42.4  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.62 
 
 		 205 aa  42.4  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  26.62 
 
 		 277 aa  42.4  0.01  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>