264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1138 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 276 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  50.72 
 
 		 298 aa  288  7e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 298 aa  282  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  50.36 
 
 		 326 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  51.59 
 
 		 326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  48 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.46 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  49.1 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  50.19 
 
 		 332 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  50.19 
 
 		 332 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  49.61 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.93 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.48 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.56 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.77 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.14 
 
 		 296 aa  209  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.2 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.21 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.35 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  35.59 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.11 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  34.78 
 
 		 1421 aa  72.4  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.68 
 
 		 259 aa  72  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.69 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 		 715 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.94 
 
 		 276 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.23 
 
 		 270 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.23 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  34.34 
 
 		 1449 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  33.54 
 
 		 1407 aa  70.1  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.22 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.6 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.52 
 
 		 1449 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.77 
 
 		 978 aa  67.8  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  32.93 
 
 		 1527 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.12 
 
 		 659 aa  65.9  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.32 
 
 		 1397 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.57 
 
 		 595 aa  64.7  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.68 
 
 		 578 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.57 
 
 		 1465 aa  63.9  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  37.27 
 
 		 1442 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  42.42 
 
 		 1426 aa  63.5  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.86 
 
 		 551 aa  62.8  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.57 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 		 300 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.4 
 
 		 1367 aa  61.6  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.4 
 
 		 1367 aa  61.6  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  30.34 
 
 		 574 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 456 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.74 
 
 		 921 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.23 
 
 		 966 aa  61.2  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.08 
 
 		 570 aa  60.5  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  30.98 
 
 		 601 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  33.33 
 
 		 603 aa  59.3  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.47 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  29.05 
 
 		 1447 aa  58.9  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  36 
 
 		 1362 aa  58.9  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.37 
 
 		 481 aa  58.9  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  29.88 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  37.76 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.58 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.99 
 
 		 590 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  23.97 
 
 		 315 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  31.78 
 
 		 613 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  24.34 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  27.59 
 
 		 574 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.03 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  27.27 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.92 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  34.48 
 
 		 1402 aa  55.8  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 		 463 aa  55.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  36 
 
 		 584 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.34 
 
 		 595 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.65 
 
 		 605 aa  55.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  23.51 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  36.28 
 
 		 695 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  23.6 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.91 
 
 		 240 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.28 
 
 		 695 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.59 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  27.1 
 
 		 1437 aa  54.7  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  31.58 
 
 		 617 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  25.97 
 
 		 315 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  31.62 
 
 		 359 aa  53.5  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 449 aa  53.9  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 		 383 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  25.81 
 
 		 315 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.04 
 
 		 695 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  33.66 
 
 		 1443 aa  53.5  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.71 
 
 		 929 aa  53.5  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  30.86 
 
 		 585 aa  53.5  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.34 
 
 		 952 aa  53.5  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  31.14 
 
 		 584 aa  53.1  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  31.9 
 
 		 720 aa  53.1  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.39 
 
 		 234 aa  53.1  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  27.72 
 
 		 578 aa  52.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>