More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0766 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  100 
 
 		 359 aa  735    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.08 
 
 		 235 aa  98.2  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.79 
 
 		 252 aa  96.3  8e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1287  CRISPR-associated protein Cas2  40.74 
 
 		 116 aa  94  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  34.78 
 
 		 1432 aa  90.9  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.07 
 
 		 609 aa  90.1  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  34.09 
 
 		 616 aa  89  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2579  CRISPR-associated Cas2 family protein  42.59 
 
 		 136 aa  88.2  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0586596 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.98 
 
 		 584 aa  88.2  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.13 
 
 		 595 aa  87  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 		 1442 aa  85.9  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.77 
 
 		 578 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.15 
 
 		 1367 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.15 
 
 		 1367 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  34.57 
 
 		 1465 aa  85.1  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3048  CRISPR-associated protein Cas2  34.75 
 
 		 124 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000244697  hitchhiker  0.000689676 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  35.43 
 
 		 1397 aa  83.2  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.09 
 
 		 930 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  31.49 
 
 		 1444 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0982  CRISPR-associated protein Cas2  40.66 
 
 		 92 aa  82  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  34.9 
 
 		 720 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  33.51 
 
 		 584 aa  81.3  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  34.43 
 
 		 1402 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 		 605 aa  81.3  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.35 
 
 		 570 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3903  CRISPR-associated protein Cas2  36.97 
 
 		 116 aa  80.9  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0712399 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  35.33 
 
 		 1449 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  29.67 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  31.34 
 
 		 1437 aa  81.3  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 		 595 aa  80.5  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  35.33 
 
 		 1449 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.79 
 
 		 1390 aa  80.1  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1529  CRISPR-associated protein Cas2  40 
 
 		 116 aa  80.1  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00270035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2686  CRISPR-associated protein Cas2  35.96 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00139784  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  30.56 
 
 		 574 aa  79.7  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0929  CRISPR-associated protein Cas2  38.38 
 
 		 102 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.525639  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.87 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0857  hypothetical protein  42.53 
 
 		 98 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.07 
 
 		 1433 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1601  CRISPR-associated protein Cas2  40.23 
 
 		 98 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0865232  normal  0.749464 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  31.46 
 
 		 1435 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2472  hypothetical protein  42.53 
 
 		 97 aa  77  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0837  hypothetical protein  42.53 
 
 		 102 aa  77  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.57 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 		 944 aa  76.6  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2831  hypothetical protein  39.8 
 
 		 120 aa  76.3  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5408  hypothetical protein  40.23 
 
 		 92 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0479014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4007  hypothetical protein  38.95 
 
 		 97 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.396918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  33.72 
 
 		 1426 aa  75.5  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3120  hypothetical protein  38.95 
 
 		 97 aa  75.5  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 		 565 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.89 
 
 		 715 aa  74.7  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  30.34 
 
 		 1433 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  29.03 
 
 		 645 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  30.34 
 
 		 1433 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  30.34 
 
 		 1433 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  30.34 
 
 		 1433 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  28.96 
 
 		 617 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2990  CRISPR-associated Cas2 family protein  38 
 
 		 105 aa  74.7  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.2106  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  28.57 
 
 		 590 aa  74.7  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 		 196 aa  75.1  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.32 
 
 		 204 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  32.47 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 		 631 aa  73.9  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  29.89 
 
 		 1447 aa  73.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  28.8 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  27.87 
 
 		 630 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.9 
 
 		 1440 aa  73.9  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  29.67 
 
 		 1421 aa  73.6  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  27.87 
 
 		 630 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  27.87 
 
 		 630 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  29.34 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.78 
 
 		 1433 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  29.78 
 
 		 1433 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.78 
 
 		 1433 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.78 
 
 		 1433 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  32.04 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  29.78 
 
 		 970 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  27.78 
 
 		 1443 aa  72.8  0.000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1374  hypothetical protein  37.93 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0105683  normal  0.860871 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.78 
 
 		 1433 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1393  hypothetical protein  40.23 
 
 		 101 aa  72  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.67162  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  30.16 
 
 		 1436 aa  72  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.51 
 
 		 1527 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  30.94 
 
 		 601 aa  72.4  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  31.55 
 
 		 1407 aa  72.4  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3248  hypothetical protein  37.89 
 
 		 97 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.271107  normal  0.862142 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  33.7 
 
 		 1388 aa  72.8  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 		 212 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.96 
 
 		 204 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0947  CRISPR-associated protein Cas2  41.57 
 
 		 104 aa  72.8  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3131  hypothetical protein  37.89 
 
 		 97 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 		 578 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1593  hypothetical protein  40 
 
 		 98 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.243436  normal  0.417431 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  30.16 
 
 		 1438 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  30.16 
 
 		 1438 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3754  hypothetical protein  37.08 
 
 		 99 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.369105 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2882  hypothetical protein  37.63 
 
 		 95 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.653694  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>