More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2539 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
235 aa  471  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.66 
 
 
236 aa  302  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.47 
 
 
231 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.47 
 
 
239 aa  261  6.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.14 
 
 
231 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.74 
 
 
232 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.51 
 
 
239 aa  261  6.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.74 
 
 
231 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.65 
 
 
232 aa  256  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.56 
 
 
237 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.94 
 
 
239 aa  252  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  60 
 
 
229 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.72 
 
 
240 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.56 
 
 
229 aa  250  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  55.26 
 
 
230 aa  249  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.58 
 
 
228 aa  249  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.35 
 
 
231 aa  247  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.56 
 
 
230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.53 
 
 
238 aa  240  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.92 
 
 
243 aa  238  6.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  51.52 
 
 
242 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  53.14 
 
 
245 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.06 
 
 
241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.46 
 
 
236 aa  234  7e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  53.45 
 
 
231 aa  234  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  51.05 
 
 
240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.64 
 
 
236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  51.49 
 
 
234 aa  231  6e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  51.49 
 
 
234 aa  231  6e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.11 
 
 
238 aa  228  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.44 
 
 
238 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.51 
 
 
234 aa  226  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.54 
 
 
240 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  51.93 
 
 
236 aa  223  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.87 
 
 
230 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.63 
 
 
226 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.72 
 
 
231 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.78 
 
 
231 aa  214  7e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.56 
 
 
230 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.22 
 
 
225 aa  207  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.3 
 
 
235 aa  202  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.26 
 
 
239 aa  201  6e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.49 
 
 
228 aa  200  9.999999999999999e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.18 
 
 
231 aa  198  6e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  43.56 
 
 
233 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  43.56 
 
 
233 aa  196  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.8 
 
 
237 aa  195  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.19 
 
 
234 aa  195  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.98 
 
 
236 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.02 
 
 
237 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  41.3 
 
 
239 aa  194  1e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  46.91 
 
 
241 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.54 
 
 
248 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.61 
 
 
238 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.54 
 
 
248 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.9 
 
 
243 aa  192  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.89 
 
 
237 aa  192  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.15 
 
 
253 aa  191  8e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.51 
 
 
237 aa  191  9e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  42.98 
 
 
249 aa  190  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 
237 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  51.41 
 
 
244 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.77 
 
 
267 aa  189  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  46.98 
 
 
240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  44.3 
 
 
254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.88 
 
 
237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  44.3 
 
 
254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  44.3 
 
 
254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  51.41 
 
 
244 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  43.88 
 
 
246 aa  188  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  42.68 
 
 
246 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  42.68 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  42.68 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  42.68 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  42.68 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.43 
 
 
257 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.46 
 
 
246 aa  186  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 
245 aa  186  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.26 
 
 
234 aa  186  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.64 
 
 
232 aa  186  2e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  44.64 
 
 
236 aa  186  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  43.88 
 
 
243 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
246 aa  185  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
243 aa  185  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
243 aa  185  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
243 aa  185  6e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.86 
 
 
238 aa  185  6e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  43.2 
 
 
252 aa  184  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
246 aa  184  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
243 aa  184  8e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  43.46 
 
 
243 aa  184  8e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  42.31 
 
 
238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  42.8 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  50.28 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.64 
 
 
243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  50.59 
 
 
527 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.42 
 
 
231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  50.28 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  50.28 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>