More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3198 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
236 aa  481  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.66 
 
 
235 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.83 
 
 
239 aa  285  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.89 
 
 
231 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.35 
 
 
231 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.08 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.39 
 
 
232 aa  282  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.59 
 
 
231 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.71 
 
 
239 aa  278  5e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  56.83 
 
 
230 aa  269  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.19 
 
 
228 aa  258  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.3 
 
 
240 aa  258  8e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.83 
 
 
237 aa  257  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  56.12 
 
 
245 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.25 
 
 
231 aa  249  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.36 
 
 
239 aa  248  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  56.03 
 
 
231 aa  248  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  55.51 
 
 
229 aa  248  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.51 
 
 
229 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.46 
 
 
243 aa  247  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.6 
 
 
238 aa  246  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  55.98 
 
 
234 aa  244  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  55.98 
 
 
234 aa  244  9e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  53.16 
 
 
240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  55.36 
 
 
236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.19 
 
 
236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.36 
 
 
230 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.6 
 
 
238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  54.98 
 
 
242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.36 
 
 
240 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.77 
 
 
241 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.75 
 
 
230 aa  235  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  54.94 
 
 
242 aa  235  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.34 
 
 
236 aa  234  7e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.68 
 
 
238 aa  227  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.77 
 
 
230 aa  221  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.71 
 
 
231 aa  221  9.999999999999999e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.37 
 
 
238 aa  220  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 
234 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.71 
 
 
236 aa  217  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.57 
 
 
239 aa  217  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.84 
 
 
231 aa  215  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.55 
 
 
225 aa  214  9e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 
234 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.27 
 
 
267 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  46.05 
 
 
233 aa  211  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.05 
 
 
235 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.6 
 
 
243 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  45.61 
 
 
233 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  50.63 
 
 
238 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.43 
 
 
257 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  54.04 
 
 
252 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.12 
 
 
243 aa  205  5e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.07 
 
 
237 aa  204  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  46.72 
 
 
259 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.61 
 
 
253 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.47 
 
 
238 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.32 
 
 
237 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.92 
 
 
237 aa  202  4e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  56 
 
 
252 aa  201  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.33 
 
 
226 aa  199  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  43.61 
 
 
239 aa  199  3e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.23 
 
 
243 aa  199  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.35 
 
 
231 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.28 
 
 
239 aa  197  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.13 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 
237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  57.23 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  57.23 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  45.16 
 
 
254 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  45.16 
 
 
254 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.44 
 
 
243 aa  196  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  45.16 
 
 
254 aa  196  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.81 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  57.23 
 
 
252 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  56.74 
 
 
244 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  56.57 
 
 
254 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 
245 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  47.48 
 
 
245 aa  195  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.52 
 
 
232 aa  194  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  46.52 
 
 
236 aa  194  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.98 
 
 
237 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  46.58 
 
 
244 aa  194  9e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.09 
 
 
228 aa  194  1e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  52.97 
 
 
246 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  52.97 
 
 
246 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  47.03 
 
 
246 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.8 
 
 
242 aa  192  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.32 
 
 
232 aa  192  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  47.66 
 
 
243 aa  192  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  46.22 
 
 
246 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  52.54 
 
 
242 aa  191  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.67 
 
 
242 aa  191  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  55.37 
 
 
242 aa  191  9e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  47.03 
 
 
246 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  45.89 
 
 
240 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  47.03 
 
 
246 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  47.03 
 
 
246 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  47.03 
 
 
246 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.32 
 
 
233 aa  190  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>