More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2858 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 243 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  64.61 
 
 		 230 aa  318  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.55 
 
 		 237 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  64.71 
 
 		 229 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.71 
 
 		 229 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.41 
 
 		 231 aa  296  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.37 
 
 		 239 aa  259  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.62 
 
 		 230 aa  258  7e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.04 
 
 		 228 aa  254  8e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.68 
 
 		 239 aa  247  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.26 
 
 		 231 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.46 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.62 
 
 		 232 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.16 
 
 		 239 aa  239  4e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.92 
 
 		 235 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.32 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.25 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  51.63 
 
 		 242 aa  235  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.96 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  49.6 
 
 		 245 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  48.15 
 
 		 234 aa  224  9e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  48.15 
 
 		 234 aa  224  9e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  50.41 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.77 
 
 		 236 aa  222  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.55 
 
 		 238 aa  222  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  48.77 
 
 		 236 aa  222  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.77 
 
 		 241 aa  221  6e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.37 
 
 		 240 aa  221  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.69 
 
 		 236 aa  219  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  47.58 
 
 		 240 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.56 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.42 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.47 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.13 
 
 		 238 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.52 
 
 		 230 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  49.38 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.58 
 
 		 235 aa  205  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.64 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.72 
 
 		 231 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.34 
 
 		 239 aa  201  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.06 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.26 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  43.8 
 
 		 239 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.21 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.68 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  44 
 
 		 246 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  44 
 
 		 246 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  44 
 
 		 246 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  44 
 
 		 246 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  44 
 
 		 246 aa  191  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  43.55 
 
 		 245 aa  191  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.08 
 
 		 237 aa  190  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.66 
 
 		 231 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.86 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.74 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.29 
 
 		 239 aa  189  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.12 
 
 		 228 aa  189  5e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.2 
 
 		 246 aa  188  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  43.2 
 
 		 246 aa  188  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  43.2 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  43.2 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.54 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  43.2 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.12 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  43.2 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  42.8 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  42.24 
 
 		 233 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  42.24 
 
 		 233 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.91 
 
 		 238 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  41.9 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  42.8 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  42.8 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  43.65 
 
 		 244 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.69 
 
 		 237 aa  184  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  42.74 
 
 		 254 aa  184  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  42.74 
 
 		 254 aa  184  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  42.74 
 
 		 254 aa  184  9e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  44.27 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  42.57 
 
 		 245 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.58 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.68 
 
 		 253 aa  182  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  49.73 
 
 		 244 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 240 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 240 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  49.73 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  49.73 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  50.27 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  49.73 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.65 
 
 		 241 aa  181  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.7 
 
 		 248 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.7 
 
 		 248 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.73 
 
 		 237 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  48.92 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  42.17 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>