More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0426 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  100 
 
 		 870 aa  1757    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0421  helicase/exonuclease  97.47 
 
 		 870 aa  1716    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.77 
 
 		 864 aa  495  9.999999999999999e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2302  UvrD/REP helicase  31.54 
 
 		 829 aa  442  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.556709  normal  0.916479 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.79 
 
 		 729 aa  211  6e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.3 
 
 		 730 aa  207  8e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.3 
 
 		 730 aa  207  8e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.01 
 
 		 741 aa  205  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  30.92 
 
 		 744 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  33.05 
 
 		 735 aa  205  4e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 807 aa  204  5e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.79 
 
 		 725 aa  204  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.46 
 
 		 732 aa  204  7e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.86 
 
 		 765 aa  202  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.85 
 
 		 756 aa  201  3.9999999999999996e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  28.6 
 
 		 787 aa  201  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.42 
 
 		 711 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.29 
 
 		 715 aa  201  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  29.65 
 
 		 737 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.69 
 
 		 751 aa  199  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.18 
 
 		 742 aa  199  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.57 
 
 		 765 aa  198  4.0000000000000005e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  29.55 
 
 		 739 aa  197  6e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.27 
 
 		 729 aa  196  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.69 
 
 		 751 aa  196  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.89 
 
 		 741 aa  195  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  30.19 
 
 		 706 aa  196  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.35 
 
 		 849 aa  196  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.27 
 
 		 772 aa  195  3e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  29.39 
 
 		 721 aa  195  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  28.25 
 
 		 768 aa  195  4e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  29.55 
 
 		 724 aa  194  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  29.87 
 
 		 707 aa  194  5e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  28.35 
 
 		 723 aa  194  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.67 
 
 		 932 aa  193  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.19 
 
 		 694 aa  193  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 738 aa  193  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.18 
 
 		 759 aa  191  4e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  30.04 
 
 		 762 aa  191  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.24 
 
 		 785 aa  191  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.72 
 
 		 755 aa  190  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 724 aa  190  9e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 		 736 aa  189  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.36 
 
 		 730 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.48 
 
 		 763 aa  190  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.09 
 
 		 673 aa  190  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  29.34 
 
 		 724 aa  189  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.09 
 
 		 738 aa  188  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  29.24 
 
 		 742 aa  188  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 738 aa  187  6e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  27.96 
 
 		 720 aa  187  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  28.07 
 
 		 741 aa  187  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  29.06 
 
 		 757 aa  187  7e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  26.61 
 
 		 720 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  26.61 
 
 		 720 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  26.61 
 
 		 720 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  26.61 
 
 		 720 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  187  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  27.64 
 
 		 758 aa  187  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  27.32 
 
 		 721 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10120  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.3 
 
 		 841 aa  187  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000454031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  26.61 
 
 		 720 aa  187  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  27.9 
 
 		 720 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0950  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 813 aa  186  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000846771 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.78 
 
 		 794 aa  186  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  30.34 
 
 		 714 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  30.43 
 
 		 749 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  31.43 
 
 		 731 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.94 
 
 		 757 aa  185  3e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  26.77 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  28.36 
 
 		 770 aa  185  3e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  26.98 
 
 		 720 aa  185  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.18 
 
 		 833 aa  184  4.0000000000000006e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  29.67 
 
 		 751 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  27.19 
 
 		 721 aa  184  4.0000000000000006e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  28.18 
 
 		 817 aa  185  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.95 
 
 		 753 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.67 
 
 		 751 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  28.63 
 
 		 722 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.67 
 
 		 747 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.7 
 
 		 751 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  29.67 
 
 		 753 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.7 
 
 		 747 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  31.03 
 
 		 722 aa  184  5.0000000000000004e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.53 
 
 		 817 aa  184  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  28.78 
 
 		 721 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.67 
 
 		 751 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>