More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0832 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_0832  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
188 aa  389  1e-107  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0668234  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.38 
 
 
184 aa  221  6e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.65 
 
 
186 aa  197  7e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.65 
 
 
186 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.75 
 
 
187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  34.12 
 
 
1407 aa  105  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 
769 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.13 
 
 
731 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  35.09 
 
 
1367 aa  100  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  100  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
722 aa  100  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  35.09 
 
 
1367 aa  100  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
485 aa  97.8  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 
921 aa  96.7  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1030  Rad3-related DNA helicase  36.88 
 
 
937 aa  96.7  2e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0174435  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.11 
 
 
1440 aa  95.1  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
242 aa  94.7  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  33.53 
 
 
1447 aa  94.7  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  32.72 
 
 
242 aa  94.4  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
706 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  35.29 
 
 
1402 aa  94  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.72 
 
 
595 aa  92.8  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.56 
 
 
719 aa  92.8  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  32.76 
 
 
1365 aa  92.8  3e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
695 aa  91.3  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  31.43 
 
 
601 aa  90.9  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.54 
 
 
721 aa  90.9  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  33.54 
 
 
616 aa  90.5  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
242 aa  90.5  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  32.35 
 
 
1527 aa  90.1  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 
225 aa  89.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
719 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1605  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
260 aa  89.4  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.21 
 
 
1397 aa  89  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 
659 aa  89  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.59 
 
 
729 aa  88.6  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
240 aa  88.6  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.36 
 
 
695 aa  88.2  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 
237 aa  88.2  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
695 aa  87.8  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 
237 aa  87.8  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.52 
 
 
1390 aa  87.8  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.76 
 
 
282 aa  86.3  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1362 aa  86.3  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  30.86 
 
 
244 aa  86.3  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.76 
 
 
1442 aa  85.9  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
215 aa  85.5  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  33.53 
 
 
1421 aa  85.5  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 
180 aa  85.5  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
250 aa  85.1  5e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
921 aa  85.1  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  28.32 
 
 
729 aa  85.1  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
241 aa  85.1  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  31.11 
 
 
791 aa  84.7  6e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
196 aa  84.7  7e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  31.95 
 
 
797 aa  84.3  8e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  30.51 
 
 
249 aa  84.3  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  30.25 
 
 
244 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  30.46 
 
 
1426 aa  84  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  31.18 
 
 
603 aa  84  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  29.48 
 
 
551 aa  84  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  30.99 
 
 
1465 aa  84  0.000000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  32 
 
 
1449 aa  83.6  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  30.64 
 
 
181 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.14 
 
 
909 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.12 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.12 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.19 
 
 
954 aa  82.8  0.000000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  30.86 
 
 
238 aa  82  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  28.11 
 
 
645 aa  82.4  0.000000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  32.94 
 
 
215 aa  82  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
235 aa  82  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
205 aa  82  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
248 aa  82  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0339  DNA polymerase III, alpha subunit  33.13 
 
 
1479 aa  82  0.000000000000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.55 
 
 
584 aa  82  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
248 aa  82  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.43 
 
 
1449 aa  82  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  29.59 
 
 
1436 aa  81.6  0.000000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
253 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
253 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
253 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
253 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
253 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
934 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
226 aa  81.3  0.000000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.09 
 
 
610 aa  81.3  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  29.38 
 
 
244 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  30.63 
 
 
222 aa  80.5  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  30.25 
 
 
244 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  29.81 
 
 
236 aa  80.9  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  29.59 
 
 
1438 aa  80.9  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>