More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1538 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1538  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 645 aa  1325    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  31.85 
 
 		 672 aa  285  3.0000000000000004e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  32.36 
 
 		 673 aa  277  5e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  31.55 
 
 		 708 aa  275  2.0000000000000002e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2964  DNA ligase, NAD-dependent  30.74 
 
 		 674 aa  273  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00282496  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  31.52 
 
 		 676 aa  271  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  31.56 
 
 		 674 aa  271  4e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  31.26 
 
 		 674 aa  268  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.45 
 
 		 670 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  31.62 
 
 		 662 aa  265  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  30 
 
 		 710 aa  261  2e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.12 
 
 		 700 aa  261  3e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  31.94 
 
 		 718 aa  261  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  31.88 
 
 		 673 aa  260  6e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  29.84 
 
 		 725 aa  259  9e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  30.98 
 
 		 684 aa  259  1e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  30.64 
 
 		 678 aa  259  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  31.69 
 
 		 726 aa  257  4e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  31.2 
 
 		 670 aa  257  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  31.82 
 
 		 682 aa  257  4e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  29.28 
 
 		 671 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  30.34 
 
 		 664 aa  256  1.0000000000000001e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  30.53 
 
 		 670 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.82 
 
 		 679 aa  255  2.0000000000000002e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  30.72 
 
 		 662 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  30.46 
 
 		 708 aa  254  3e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.82 
 
 		 670 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  31.59 
 
 		 663 aa  254  4.0000000000000004e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  31.59 
 
 		 656 aa  254  4.0000000000000004e-66  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  31.61 
 
 		 676 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  30.83 
 
 		 667 aa  254  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  30.83 
 
 		 667 aa  254  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  30.5 
 
 		 670 aa  253  5.000000000000001e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  30.01 
 
 		 673 aa  253  7e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  30.8 
 
 		 662 aa  251  2e-65  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1480  DNA ligase, NAD-dependent  30.71 
 
 		 663 aa  251  2e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  29.45 
 
 		 675 aa  252  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  30.6 
 
 		 677 aa  251  3e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  30.1 
 
 		 684 aa  251  3e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  30.01 
 
 		 670 aa  251  4e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.78 
 
 		 671 aa  250  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  30.04 
 
 		 697 aa  250  7e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.78 
 
 		 671 aa  250  7e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  30.12 
 
 		 690 aa  249  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.78 
 
 		 671 aa  249  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  29.78 
 
 		 671 aa  249  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  29.1 
 
 		 699 aa  248  2e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.78 
 
 		 671 aa  249  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.9 
 
 		 669 aa  249  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  30.88 
 
 		 700 aa  248  2e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  31.05 
 
 		 669 aa  249  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  30.35 
 
 		 673 aa  248  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.64 
 
 		 671 aa  248  4e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.64 
 
 		 671 aa  248  4e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.9 
 
 		 669 aa  247  4e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  29.64 
 
 		 671 aa  248  4e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.97 
 
 		 669 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1425  DNA ligase, NAD-dependent  30.75 
 
 		 712 aa  246  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.76 
 
 		 669 aa  246  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  31.56 
 
 		 665 aa  245  9.999999999999999e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.09 
 
 		 738 aa  246  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.61 
 
 		 669 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.62 
 
 		 681 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  30.98 
 
 		 664 aa  245  1.9999999999999999e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2205  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.99 
 
 		 680 aa  244  3e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.61 
 
 		 669 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.61 
 
 		 669 aa  244  5e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2844  DNA ligase, NAD-dependent  30.79 
 
 		 707 aa  243  6e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.764742  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.61 
 
 		 669 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.61 
 
 		 669 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.33 
 
 		 671 aa  243  9e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.61 
 
 		 669 aa  243  9e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1066  DNA ligase, NAD-dependent  30 
 
 		 709 aa  243  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  31.55 
 
 		 670 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  29.78 
 
 		 670 aa  241  2e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  31.13 
 
 		 704 aa  241  2e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.38 
 
 		 681 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  28.8 
 
 		 670 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  30.94 
 
 		 659 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.14 
 
 		 680 aa  241  4e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  29.4 
 
 		 672 aa  240  5.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  30.24 
 
 		 672 aa  240  5.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  29.56 
 
 		 683 aa  239  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  29.66 
 
 		 673 aa  239  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  28.49 
 
 		 692 aa  239  1e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  30.07 
 
 		 681 aa  239  1e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  30.57 
 
 		 683 aa  239  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.49 
 
 		 671 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0351  DNA ligase, NAD-dependent  29.71 
 
 		 691 aa  239  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.92 
 
 		 670 aa  238  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.49 
 
 		 671 aa  238  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.74 
 
 		 669 aa  238  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  28.4 
 
 		 685 aa  238  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.49 
 
 		 671 aa  238  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  29.11 
 
 		 678 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  28.85 
 
 		 716 aa  237  6e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0320  NAD dependent DNA ligase  28.72 
 
 		 691 aa  236  8e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.250656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.91 
 
 		 652 aa  236  9e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  29.5 
 
 		 689 aa  236  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0473  DNA ligase, NAD-dependent  29.31 
 
 		 686 aa  236  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>