More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1554 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 664 aa  1305    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 681 aa  566  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  48.04 
 
 		 672 aa  559  1e-158  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  46.73 
 
 		 708 aa  553  1e-156  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  46.79 
 
 		 708 aa  553  1e-156  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  48.31 
 
 		 726 aa  553  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  44.72 
 
 		 705 aa  546  1e-154  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  47.03 
 
 		 712 aa  546  1e-154  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  47.21 
 
 		 672 aa  547  1e-154  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  47.8 
 
 		 711 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  46.07 
 
 		 695 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  46.67 
 
 		 718 aa  535  1e-151  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  46.5 
 
 		 683 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  47.89 
 
 		 666 aa  533  1e-150  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.79 
 
 		 676 aa  528  1e-149  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.72 
 
 		 701 aa  531  1e-149  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.34 
 
 		 712 aa  528  1e-149  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.72 
 
 		 701 aa  531  1e-149  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.72 
 
 		 701 aa  531  1e-149  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  47.95 
 
 		 673 aa  527  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  43.95 
 
 		 673 aa  527  1e-148  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  43.2 
 
 		 670 aa  523  1e-147  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.41 
 
 		 670 aa  523  1e-147  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  46.02 
 
 		 683 aa  524  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  47.18 
 
 		 725 aa  520  1e-146  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  45.92 
 
 		 685 aa  520  1e-146  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  45.98 
 
 		 691 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  45.91 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.36 
 
 		 707 aa  520  1e-146  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.27 
 
 		 663 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  45.43 
 
 		 677 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  45.54 
 
 		 690 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  45.77 
 
 		 691 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  45.35 
 
 		 688 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  46.15 
 
 		 684 aa  518  1.0000000000000001e-145  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  43.6 
 
 		 662 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  45.39 
 
 		 721 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  45.85 
 
 		 673 aa  513  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  45.23 
 
 		 707 aa  514  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  44.31 
 
 		 688 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.51 
 
 		 670 aa  510  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 667 aa  511  1e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  45.17 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  43.99 
 
 		 675 aa  511  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 667 aa  511  1e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.89 
 
 		 679 aa  511  1e-143  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 		 693 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  45.17 
 
 		 746 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  43.71 
 
 		 696 aa  511  1e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  45.17 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.48 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  44.73 
 
 		 691 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  46.08 
 
 		 673 aa  506  9.999999999999999e-143  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  46.11 
 
 		 675 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  44.39 
 
 		 682 aa  503  1e-141  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  41.03 
 
 		 673 aa  503  1e-141  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  43.6 
 
 		 670 aa  504  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  45.49 
 
 		 694 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  43.71 
 
 		 703 aa  499  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  46.31 
 
 		 683 aa  501  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 710 aa  501  1e-140  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  40.84 
 
 		 663 aa  499  1e-140  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 722 aa  500  1e-140  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  45.12 
 
 		 691 aa  501  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.98 
 
 		 674 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  45.86 
 
 		 691 aa  500  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  44.48 
 
 		 678 aa  502  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  43.99 
 
 		 670 aa  497  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  41.69 
 
 		 665 aa  498  1e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  43.93 
 
 		 671 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 706 aa  496  1e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  44.14 
 
 		 670 aa  498  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  42.71 
 
 		 668 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  45.35 
 
 		 677 aa  496  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  41.96 
 
 		 678 aa  498  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  44.51 
 
 		 681 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  40.12 
 
 		 684 aa  492  9.999999999999999e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  42.37 
 
 		 770 aa  494  9.999999999999999e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  44.91 
 
 		 671 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  44.91 
 
 		 671 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  44.09 
 
 		 671 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  43.57 
 
 		 706 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  44.66 
 
 		 691 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  41.72 
 
 		 790 aa  493  9.999999999999999e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  43.95 
 
 		 691 aa  494  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  43.37 
 
 		 668 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  43.59 
 
 		 684 aa  489  1e-137  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 685 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 671 aa  491  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 736 aa  489  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  38.75 
 
 		 662 aa  489  1e-137  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 685 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 685 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 674 aa  491  1e-137  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>