More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2964 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013739  Cwoe_5633  DNA ligase, NAD-dependent  55.57 
 
 		 670 aa  665    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0591161  normal  0.37674 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2964  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 674 aa  1334    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00282496  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  36.72 
 
 		 672 aa  374  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.64 
 
 		 670 aa  367  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  36.47 
 
 		 670 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  37.5 
 
 		 666 aa  365  1e-99  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  37 
 
 		 711 aa  360  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  37.08 
 
 		 678 aa  360  5e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.26 
 
 		 669 aa  360  6e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.11 
 
 		 669 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.11 
 
 		 669 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2093  DNA ligase, NAD-dependent  36.73 
 
 		 705 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259807  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.11 
 
 		 669 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.96 
 
 		 669 aa  357  5e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  33.78 
 
 		 663 aa  357  5e-97  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  37.18 
 
 		 726 aa  356  8.999999999999999e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  33.48 
 
 		 665 aa  356  8.999999999999999e-97  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.81 
 
 		 669 aa  355  2e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.81 
 
 		 669 aa  355  2e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  38.2 
 
 		 670 aa  354  2.9999999999999997e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1425  DNA ligase, NAD-dependent  36.44 
 
 		 712 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1480  DNA ligase, NAD-dependent  34.28 
 
 		 663 aa  353  5e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.67 
 
 		 669 aa  352  1e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.67 
 
 		 669 aa  352  1e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.67 
 
 		 669 aa  352  1e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  37.71 
 
 		 690 aa  352  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  35.49 
 
 		 670 aa  351  2e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  38.06 
 
 		 718 aa  350  4e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  37.84 
 
 		 675 aa  350  6e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  36.72 
 
 		 689 aa  349  9e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  35.68 
 
 		 683 aa  348  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  36.89 
 
 		 673 aa  349  1e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  36.14 
 
 		 675 aa  348  2e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  34.9 
 
 		 667 aa  348  2e-94  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  36.57 
 
 		 668 aa  348  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  37.23 
 
 		 691 aa  348  2e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.25 
 
 		 669 aa  348  2e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  37.26 
 
 		 708 aa  348  3e-94  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  38.43 
 
 		 683 aa  347  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  34.81 
 
 		 659 aa  347  3e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.89 
 
 		 673 aa  347  4e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.61 
 
 		 710 aa  347  6e-94  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0712  DNA ligase, NAD-dependent  33.58 
 
 		 668 aa  346  8.999999999999999e-94  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  35.47 
 
 		 674 aa  345  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  37.25 
 
 		 707 aa  345  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.37 
 
 		 670 aa  346  1e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  38.1 
 
 		 688 aa  345  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.81 
 
 		 721 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  34.85 
 
 		 677 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  35.66 
 
 		 690 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  38.4 
 
 		 673 aa  344  2.9999999999999997e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.3 
 
 		 719 aa  343  5e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  37.7 
 
 		 691 aa  343  5e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  35.91 
 
 		 681 aa  343  5.999999999999999e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  37.7 
 
 		 691 aa  343  8e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  37.7 
 
 		 746 aa  343  9e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.16 
 
 		 719 aa  342  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  37.61 
 
 		 691 aa  341  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  36.08 
 
 		 673 aa  341  2e-92  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  37.98 
 
 		 683 aa  340  5e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  35.5 
 
 		 672 aa  340  5.9999999999999996e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  38.1 
 
 		 688 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  36.36 
 
 		 691 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  33.38 
 
 		 662 aa  340  7e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  35.79 
 
 		 708 aa  339  8e-92  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.41 
 
 		 670 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  37.28 
 
 		 685 aa  339  9.999999999999999e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  35.56 
 
 		 669 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1513  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.98 
 
 		 648 aa  338  9.999999999999999e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  37.12 
 
 		 691 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  34.93 
 
 		 668 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  35.23 
 
 		 690 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  36.9 
 
 		 714 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  37.12 
 
 		 691 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  36.86 
 
 		 669 aa  337  3.9999999999999995e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  34.81 
 
 		 670 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  38.14 
 
 		 712 aa  337  5e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  37.63 
 
 		 691 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  38.24 
 
 		 693 aa  336  7.999999999999999e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  34.78 
 
 		 668 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  36.72 
 
 		 672 aa  336  7.999999999999999e-91  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  35.78 
 
 		 681 aa  336  7.999999999999999e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  35.42 
 
 		 685 aa  336  9e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  34.33 
 
 		 652 aa  336  1e-90  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  36.24 
 
 		 684 aa  335  1e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  35.42 
 
 		 685 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  35.42 
 
 		 685 aa  335  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  31.03 
 
 		 662 aa  335  2e-90  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  35.19 
 
 		 705 aa  335  2e-90  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  35.98 
 
 		 682 aa  335  2e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.74 
 
 		 669 aa  334  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 716 aa  334  3e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.09 
 
 		 673 aa  334  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  38.07 
 
 		 691 aa  334  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  37.52 
 
 		 691 aa  334  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  37.41 
 
 		 678 aa  334  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  38.07 
 
 		 691 aa  334  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  34.47 
 
 		 670 aa  333  5e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  37.36 
 
 		 677 aa  333  5e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  35.94 
 
 		 672 aa  333  6e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>