More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0712 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006055  Mfl160  DNA ligase, polydeoxyribonucleotide synthase NAD+  63.36 
 
 
666 aa  870    Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.0025564  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0712  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 
668 aa  1337    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.79 
 
 
669 aa  608  1e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  609  1e-173  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.64 
 
 
669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.79 
 
 
669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.79 
 
 
669 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.49 
 
 
669 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.1 
 
 
670 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 
680 aa  593  1e-168  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.39 
 
 
670 aa  580  1e-164  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  44.55 
 
 
667 aa  572  1.0000000000000001e-162  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  44.55 
 
 
667 aa  572  1.0000000000000001e-162  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  42.54 
 
 
678 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  44.55 
 
 
665 aa  558  1e-157  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  45.82 
 
 
673 aa  553  1e-156  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 
663 aa  554  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1513  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.97 
 
 
648 aa  553  1e-156  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  42.22 
 
 
670 aa  551  1e-155  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.64 
 
 
663 aa  550  1e-155  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  43.57 
 
 
662 aa  546  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  40.3 
 
 
685 aa  546  1e-154  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  43.16 
 
 
661 aa  548  1e-154  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  42.64 
 
 
684 aa  548  1e-154  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  41.82 
 
 
673 aa  540  9.999999999999999e-153  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  41.79 
 
 
659 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  41.3 
 
 
668 aa  538  9.999999999999999e-153  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  39.73 
 
 
684 aa  541  9.999999999999999e-153  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.62 
 
 
676 aa  536  1e-151  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  42.62 
 
 
674 aa  537  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  42.46 
 
 
674 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  44.7 
 
 
662 aa  537  1e-151  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  40.39 
 
 
669 aa  535  1e-150  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  42.06 
 
 
680 aa  532  1e-150  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  41.03 
 
 
688 aa  529  1e-149  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 
673 aa  530  1e-149  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  39.82 
 
 
712 aa  528  1e-149  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  41.03 
 
 
688 aa  529  1e-149  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 
652 aa  526  1e-148  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  40 
 
 
672 aa  525  1e-148  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  39.37 
 
 
672 aa  528  1e-148  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.27 
 
 
679 aa  523  1e-147  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0472  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.22 
 
 
686 aa  522  1e-147  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  41.39 
 
 
673 aa  521  1e-146  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  42.77 
 
 
665 aa  519  1e-146  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000122507  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  40.45 
 
 
670 aa  521  1e-146  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.71 
 
 
670 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  38.53 
 
 
681 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  40.94 
 
 
677 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  39.29 
 
 
670 aa  515  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  41.39 
 
 
670 aa  515  1e-144  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  40.21 
 
 
690 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  38.63 
 
 
694 aa  512  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.41 
 
 
680 aa  509  1e-143  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  40.72 
 
 
671 aa  510  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  38.95 
 
 
706 aa  509  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  40.06 
 
 
690 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  40.09 
 
 
691 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  39.52 
 
 
689 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  40.53 
 
 
690 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  38.19 
 
 
690 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  43.59 
 
 
669 aa  506  9.999999999999999e-143  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  40.63 
 
 
681 aa  507  9.999999999999999e-143  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  38.23 
 
 
707 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  37.41 
 
 
673 aa  502  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.94 
 
 
669 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  39.76 
 
 
685 aa  503  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  41.55 
 
 
668 aa  504  1e-141  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  37.52 
 
 
673 aa  502  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  38.86 
 
 
670 aa  503  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  39.12 
 
 
694 aa  501  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  41 
 
 
671 aa  501  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  41.96 
 
 
670 aa  501  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  42.24 
 
 
675 aa  496  1e-139  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  39.12 
 
 
691 aa  498  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  39.22 
 
 
675 aa  496  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  39.52 
 
 
667 aa  498  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  36.99 
 
 
693 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  39.67 
 
 
668 aa  496  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  38.8 
 
 
684 aa  496  1e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  38.76 
 
 
681 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  39.26 
 
 
691 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  38.32 
 
 
669 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  37.96 
 
 
711 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  39.11 
 
 
691 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  40.7 
 
 
671 aa  492  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2205  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.47 
 
 
680 aa  495  9.999999999999999e-139  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  39.12 
 
 
685 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  40.78 
 
 
672 aa  495  9.999999999999999e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  39.61 
 
 
666 aa  493  9.999999999999999e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  38.51 
 
 
691 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  41.79 
 
 
668 aa  495  9.999999999999999e-139  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  38.69 
 
 
674 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  39.12 
 
 
685 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  39.01 
 
 
670 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>