170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5189 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5189  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 409 aa  832    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.367271 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4098  secretion protein HlyD family protein  69.27 
 
 		 410 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2925  hypothetical protein  58.75 
 
 		 410 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0831284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1989  hypothetical protein  52.93 
 
 		 410 aa  428  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.720347 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4174  hypothetical protein  49.15 
 
 		 413 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0618  secretion protein HlyD family protein  31.19 
 
 		 396 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1965  putative membrane fusion protein family member  30.94 
 
 		 396 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  28.92 
 
 		 385 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  27.78 
 
 		 378 aa  90.5  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  27.84 
 
 		 378 aa  87.4  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  27.24 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  27.11 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  27.72 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  27.25 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  26.52 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  24.61 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  25.53 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  24.61 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  27.46 
 
 		 378 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  26.15 
 
 		 376 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  25.39 
 
 		 381 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  25.39 
 
 		 381 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  25.39 
 
 		 381 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  22.98 
 
 		 378 aa  71.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  25.39 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  26.06 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  23 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  23 
 
 		 378 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  23 
 
 		 378 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  23 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  23 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  24.02 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  23.81 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  23 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  29.29 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  23 
 
 		 378 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  29.27 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  29.05 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  23.82 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  28.75 
 
 		 381 aa  62.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0311  secretion protein HlyD family protein  23.41 
 
 		 361 aa  60.5  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0146421  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  26.67 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  24.52 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  29.15 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1211  secretion protein HlyD family protein  26.52 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  25.63 
 
 		 400 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3693  secretion protein HlyD family protein  24.56 
 
 		 378 aa  56.2  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  30 
 
 		 393 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0008  secretion protein HlyD family protein  23.81 
 
 		 363 aa  56.2  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000302217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 349 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  27.94 
 
 		 377 aa  56.2  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  30.83 
 
 		 365 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  29.96 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  28.22 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 344 aa  55.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  27.34 
 
 		 463 aa  53.1  0.000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 364 aa  53.1  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  26.8 
 
 		 407 aa  53.1  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 381 aa  52.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  31.47 
 
 		 414 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  25.47 
 
 		 364 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  25.63 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  25.97 
 
 		 364 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  25.23 
 
 		 349 aa  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  28.35 
 
 		 372 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  27.8 
 
 		 349 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  27.74 
 
 		 351 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3595  secretion protein HlyD  29.25 
 
 		 404 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.766279  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3713  secretion protein HlyD family protein  26.38 
 
 		 404 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.598746 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  26.2 
 
 		 354 aa  50.8  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2304  secretion protein HlyD family protein  31.03 
 
 		 358 aa  50.8  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.396898  normal  0.0133431 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3017  secretion protein HlyD family protein  27.51 
 
 		 363 aa  50.4  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.314834 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  26.02 
 
 		 379 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0471  secretion protein HlyD family protein  29.02 
 
 		 414 aa  50.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  25.34 
 
 		 349 aa  50.4  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  27.55 
 
 		 387 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  29 
 
 		 355 aa  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  28.04 
 
 		 467 aa  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  25.42 
 
 		 411 aa  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0015  hypothetical protein  25.74 
 
 		 357 aa  49.7  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1810  hypothetical protein  33.89 
 
 		 326 aa  48.9  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.516711  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0015  hypothetical protein  25.74 
 
 		 357 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 390 aa  49.7  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4620  putative membrane fusion protein of efflux pump HlyD family v  22.3 
 
 		 392 aa  49.7  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  26.67 
 
 		 352 aa  49.3  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  27.51 
 
 		 387 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  27.42 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  26.12 
 
 		 400 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  28.26 
 
 		 354 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0310  hypothetical protein  22.9 
 
 		 330 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5419  secretion protein HlyD family protein  25.76 
 
 		 385 aa  48.5  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  23.62 
 
 		 470 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2681  secretion protein HlyD  23.83 
 
 		 289 aa  48.9  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879116  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6436  secretion protein HlyD family protein  24.83 
 
 		 392 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475078  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  23.62 
 
 		 475 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  23.62 
 
 		 475 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1021  multidrug resistance protein VceA  24.07 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  27.09 
 
 		 354 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0327  hypothetical protein  22.43 
 
 		 330 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  27.12 
 
 		 352 aa  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>