More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4620 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4620  putative membrane fusion protein of efflux pump HlyD family v  100 
 
 		 392 aa  791    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 381 aa  186  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  33.08 
 
 		 381 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  32.83 
 
 		 381 aa  176  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  34.08 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  34.08 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  34.08 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  32.58 
 
 		 385 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  33.83 
 
 		 381 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  31.61 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  32.15 
 
 		 379 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  32.74 
 
 		 378 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  31.71 
 
 		 376 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  31.81 
 
 		 378 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  30.26 
 
 		 376 aa  156  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  33.16 
 
 		 378 aa  155  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  29.92 
 
 		 376 aa  155  8e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  31.7 
 
 		 376 aa  150  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  29.55 
 
 		 378 aa  146  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  29.55 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  29.55 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  29.55 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  29.55 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  29.55 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  30.48 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  30.71 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.4 
 
 		 378 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  29.55 
 
 		 378 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  29.26 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3693  secretion protein HlyD family protein  30.6 
 
 		 378 aa  140  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  29.26 
 
 		 378 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  30.25 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  28.93 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  29.16 
 
 		 378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  29.18 
 
 		 378 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 		 313 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  28.68 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2977  secretion protein HlyD  29.63 
 
 		 313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 		 319 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  32.53 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  31.8 
 
 		 343 aa  107  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  31.45 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  31.45 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  31.45 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  31.1 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  31.45 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  31.45 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  31.45 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  24.94 
 
 		 382 aa  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  26.94 
 
 		 383 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  27.04 
 
 		 373 aa  99.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 373 aa  96.7  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  25.12 
 
 		 400 aa  95.1  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  24.76 
 
 		 407 aa  93.6  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  25.8 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0185  putative multidrug resistance efflux pump  23.91 
 
 		 406 aa  88.6  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2119  multidrug resistance protein MdtN  30.1 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  25.72 
 
 		 354 aa  86.7  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  28.33 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  25.98 
 
 		 368 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  25.07 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2319  putative secretion protein  30.42 
 
 		 352 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27420  putative secretion protein  30.42 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204375  normal  0.853032 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1100  secretion protein HlyD family protein  28.05 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0596  multidrug resistance protein MdtN  28.62 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789434  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0535  multidrug resistance protein MdtN  28.62 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1703  secretion protein HlyD family protein  30.77 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  28.77 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  28.45 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  28.45 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  28.45 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  27.94 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  25.53 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1061  multidrug resistance protein MdtN  28.27 
 
 		 349 aa  82.8  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.182652 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  28.45 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2304  secretion protein HlyD family protein  31.64 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.396898  normal  0.0133431 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  24.93 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  24.93 
 
 		 364 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  28.9 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  26.47 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  31.99 
 
 		 349 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1056  multidrug resistance protein MdtN  30.77 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  27.97 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  28.87 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6436  secretion protein HlyD family protein  29.02 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475078  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  31.14 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  31.14 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  31.14 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0205  putative multidrug resistance efflux pump  21.1 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2193  multidrug resistance protein MdtN  28.89 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  28.45 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3992  secretion protein HlyD family protein  23.63 
 
 		 407 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4577  multidrug resistance protein MdtN  30.77 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.603811  hitchhiker  0.0000103156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  27.05 
 
 		 352 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>