More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2805 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  100 
 
 
381 aa  776    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  74.28 
 
 
381 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  74.28 
 
 
381 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  74.28 
 
 
381 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  72.44 
 
 
381 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  74.02 
 
 
381 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  72.18 
 
 
381 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  71.35 
 
 
378 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  72.15 
 
 
378 aa  577  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  72.18 
 
 
381 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  72.94 
 
 
378 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  72.15 
 
 
378 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  69.73 
 
 
378 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  50.93 
 
 
376 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  49.34 
 
 
376 aa  388  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  50.4 
 
 
376 aa  390  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  49.34 
 
 
382 aa  381  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  51.17 
 
 
385 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  46.95 
 
 
378 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  50.4 
 
 
376 aa  353  4e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  44.3 
 
 
378 aa  350  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  44.56 
 
 
378 aa  349  5e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  44.56 
 
 
378 aa  349  5e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  44.56 
 
 
378 aa  348  6e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  44.56 
 
 
378 aa  349  6e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  44.56 
 
 
378 aa  348  6e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  44.56 
 
 
378 aa  348  7e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  44.56 
 
 
378 aa  348  8e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  44.56 
 
 
378 aa  348  8e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  44.3 
 
 
378 aa  347  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  44.56 
 
 
378 aa  348  1e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  44.56 
 
 
378 aa  347  1e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  44.03 
 
 
378 aa  342  9e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3693  secretion protein HlyD family protein  44.03 
 
 
378 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  42.15 
 
 
319 aa  292  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  33.59 
 
 
379 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4620  putative membrane fusion protein of efflux pump HlyD family v  29.9 
 
 
392 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  29.48 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  28.69 
 
 
364 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  28.36 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  29.09 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  31.11 
 
 
368 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  30.11 
 
 
365 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  27.38 
 
 
378 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  27.86 
 
 
355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  28.74 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 
313 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  28.71 
 
 
356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  31.45 
 
 
354 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  26.97 
 
 
373 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  29.27 
 
 
354 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  26.21 
 
 
373 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  25.96 
 
 
381 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  27.51 
 
 
354 aa  106  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  26.57 
 
 
352 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  28.32 
 
 
355 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  27.58 
 
 
377 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2977  secretion protein HlyD  32.2 
 
 
313 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  30.88 
 
 
351 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  28.69 
 
 
343 aa  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  26.15 
 
 
352 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  26.15 
 
 
352 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  26.15 
 
 
352 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  29.91 
 
 
352 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  28.69 
 
 
343 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  28.69 
 
 
343 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  28.69 
 
 
343 aa  102  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  28.69 
 
 
343 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  28.69 
 
 
343 aa  102  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  28.69 
 
 
343 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  30.99 
 
 
367 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  28.28 
 
 
343 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  26.71 
 
 
352 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  30.03 
 
 
352 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  27.16 
 
 
344 aa  97.4  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  25.31 
 
 
407 aa  96.3  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2925  hypothetical protein  25.5 
 
 
410 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0831284  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  25.31 
 
 
354 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  24.93 
 
 
352 aa  93.2  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  24.93 
 
 
352 aa  93.2  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  35.33 
 
 
311 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5189  secretion protein HlyD family protein  26.82 
 
 
409 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.367271 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  24.58 
 
 
357 aa  92.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  25.68 
 
 
400 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  29.88 
 
 
350 aa  92  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  26.54 
 
 
386 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  30.17 
 
 
331 aa  90.5  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  24.25 
 
 
352 aa  90.5  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  27.24 
 
 
354 aa  90.1  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  29.63 
 
 
354 aa  90.1  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  25.94 
 
 
368 aa  90.1  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  26.8 
 
 
349 aa  89.7  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  29.87 
 
 
331 aa  88.6  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  24.23 
 
 
352 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>