267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2925 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2925  hypothetical protein  100 
 
 		 410 aa  835    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0831284  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4098  secretion protein HlyD family protein  58.78 
 
 		 410 aa  511  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5189  secretion protein HlyD family protein  59.27 
 
 		 409 aa  500  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.367271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1989  hypothetical protein  50.73 
 
 		 410 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.720347 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4174  hypothetical protein  47.22 
 
 		 413 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0618  secretion protein HlyD family protein  32.92 
 
 		 396 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1965  putative membrane fusion protein family member  32.92 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  27.76 
 
 		 378 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  27.76 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  27.76 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  27.76 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  27.48 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  29.25 
 
 		 378 aa  96.3  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  27.08 
 
 		 376 aa  93.2  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  26.9 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  27.67 
 
 		 378 aa  92.4  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  27.16 
 
 		 381 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  27.47 
 
 		 385 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  25.93 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  27.65 
 
 		 376 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  27.36 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  26.96 
 
 		 381 aa  87.4  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  25.73 
 
 		 378 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  25.22 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  27.74 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  25.6 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  26.59 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  26.59 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  25.8 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  29.11 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  25.24 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  26.74 
 
 		 378 aa  83.2  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  25.2 
 
 		 378 aa  82.8  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  25.8 
 
 		 378 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  25.8 
 
 		 378 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  25.8 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  26.13 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  25.8 
 
 		 378 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  25.8 
 
 		 378 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  25.77 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  26.49 
 
 		 319 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  27.5 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  27.5 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  27.5 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  27.5 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  27.08 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  28.93 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  29.11 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  27.5 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  24.71 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  27.08 
 
 		 343 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  25.24 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3693  secretion protein HlyD family protein  24.63 
 
 		 378 aa  63.9  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  29.56 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  24.75 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  27.33 
 
 		 377 aa  61.2  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0858  efflux pump membrane protein  24.91 
 
 		 391 aa  59.7  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  27.65 
 
 		 463 aa  60.1  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  25.9 
 
 		 361 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  29.02 
 
 		 349 aa  59.3  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  25.24 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  24.2 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  29.02 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4510  multidrug resistance protein MdtN  29.07 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803564  normal  0.0531786 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  24.88 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  26.89 
 
 		 467 aa  57  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  25.82 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  26.83 
 
 		 368 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 365 aa  57  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  25.94 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0015  hypothetical protein  24.19 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0015  hypothetical protein  24.19 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4352  multidrug resistance protein MdtN  28.96 
 
 		 349 aa  56.6  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  26.47 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  25.43 
 
 		 344 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  26.12 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  24.4 
 
 		 364 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  26.27 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  25.43 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  25.16 
 
 		 400 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  26.56 
 
 		 349 aa  54.7  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  24.81 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3415  secretion protein HlyD family protein  24.72 
 
 		 406 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  26.56 
 
 		 349 aa  54.7  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  26.22 
 
 		 331 aa  54.7  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  24.34 
 
 		 347 aa  54.7  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  22.4 
 
 		 359 aa  54.3  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  26.98 
 
 		 334 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  24.06 
 
 		 383 aa  54.3  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  21.16 
 
 		 379 aa  54.3  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  26.32 
 
 		 373 aa  53.9  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>