More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2518 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  100 
 
 		 379 aa  765    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  36.83 
 
 		 376 aa  200  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  34.1 
 
 		 385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  33.77 
 
 		 381 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  33.77 
 
 		 381 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  33.77 
 
 		 381 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  33.77 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  32.99 
 
 		 381 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  32.38 
 
 		 376 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  32.99 
 
 		 381 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  34.46 
 
 		 378 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  33.51 
 
 		 378 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  33.25 
 
 		 378 aa  186  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  31.41 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  32.73 
 
 		 378 aa  184  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  32.99 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  32.8 
 
 		 378 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  32.12 
 
 		 378 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4620  putative membrane fusion protein of efflux pump HlyD family v  31.55 
 
 		 392 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  33.85 
 
 		 381 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  34.71 
 
 		 376 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  30.83 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  30.15 
 
 		 378 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  30.05 
 
 		 378 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  29.79 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  30.49 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.79 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  29.79 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  29.79 
 
 		 378 aa  164  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  29.53 
 
 		 378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  29.53 
 
 		 378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  29.35 
 
 		 378 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  29.35 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3693  secretion protein HlyD family protein  28.9 
 
 		 378 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  28.83 
 
 		 378 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  29.92 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  31.48 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2977  secretion protein HlyD  28.01 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  29.24 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  26.92 
 
 		 354 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  29.32 
 
 		 383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  26.76 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  29.53 
 
 		 352 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  29.14 
 
 		 354 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  30.33 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  29.53 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  28.61 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  28.03 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  23.96 
 
 		 407 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  29.97 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  27.64 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  29.77 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  28.83 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  24.26 
 
 		 400 aa  100  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  26.12 
 
 		 352 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  26.1 
 
 		 331 aa  99.8  6e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  29.67 
 
 		 413 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  27.62 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  27.62 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  27.62 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  26.42 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2082  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.565949 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  27.33 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  30.41 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1920  secretion protein HlyD  29.45 
 
 		 383 aa  97.8  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00498247  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  25.43 
 
 		 373 aa  97.4  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  28.73 
 
 		 354 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  27.12 
 
 		 368 aa  97.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0942  putative secretion protein, HlyD family  23.81 
 
 		 407 aa  95.5  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.926977  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4577  multidrug resistance protein MdtN  27.03 
 
 		 349 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.603811  hitchhiker  0.0000103156 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4112  multidrug resistance protein MdtN  26.74 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.718729  normal  0.0575764 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  28.14 
 
 		 356 aa  94.4  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2257  secretion protein HlyD family protein  30.7 
 
 		 368 aa  93.6  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.250908 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  24.49 
 
 		 354 aa  92.8  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  30.98 
 
 		 351 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  25.69 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1056  multidrug resistance protein MdtN  26.51 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2191  secretion protein HlyD family protein  29.39 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 407 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  25.69 
 
 		 366 aa  90.9  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  28.34 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06903  histidine kinase  26.77 
 
 		 341 aa  90.5  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4053  secretion protein HlyD family protein  27.54 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.861449 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  28.01 
 
 		 343 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  28.01 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3992  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 407 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2237  membrane fusion protein (MFP) family protein  28.39 
 
 		 368 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  28.01 
 
 		 343 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  26.22 
 
 		 355 aa  89.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  28.01 
 
 		 343 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  28.2 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6274  secretion protein HlyD family protein  29.57 
 
 		 460 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0399198 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6560  secretion protein HlyD family protein  29.57 
 
 		 460 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>