250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1989 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1989  hypothetical protein  100 
 
 		 410 aa  833    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.720347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4098  secretion protein HlyD family protein  53.17 
 
 		 410 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5189  secretion protein HlyD family protein  52.93 
 
 		 409 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.367271 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2925  hypothetical protein  50 
 
 		 410 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0831284  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4174  hypothetical protein  47.22 
 
 		 413 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0618  secretion protein HlyD family protein  30.49 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1965  putative membrane fusion protein family member  30 
 
 		 396 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  26.79 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  29.6 
 
 		 385 aa  87.8  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  27.07 
 
 		 382 aa  82  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  26.56 
 
 		 376 aa  82  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  23.9 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  28.42 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  27.05 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  26.14 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3017  secretion protein HlyD family protein  31.08 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.314834 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  27.05 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  27.05 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  27.05 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  30.22 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  28.33 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  28.33 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  29.17 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  28.42 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  28.33 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  28.33 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  28.33 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  28.42 
 
 		 387 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 381 aa  67  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  27.92 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  25.08 
 
 		 378 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  27.92 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  27.1 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  26.06 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  30.33 
 
 		 377 aa  62.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0327  hypothetical protein  23.17 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0310  hypothetical protein  23.58 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  25.25 
 
 		 378 aa  62  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  26.17 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  23.7 
 
 		 378 aa  60.8  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  29.6 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  29.15 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  31.02 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  27.09 
 
 		 355 aa  59.3  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  25.78 
 
 		 359 aa  58.9  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  30.9 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  24.16 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  26.52 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  27.32 
 
 		 364 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  24.03 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  24.62 
 
 		 407 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  30.2 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  31.38 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  24.62 
 
 		 400 aa  57  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4577  secretion protein HlyD  29.24 
 
 		 354 aa  57  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.231546  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 392 aa  56.6  0.0000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  26.23 
 
 		 444 aa  56.6  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  27.97 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  29.62 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  24.48 
 
 		 381 aa  56.2  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  27.87 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  25.94 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0471  secretion protein HlyD family protein  29.1 
 
 		 414 aa  54.7  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  20.83 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  27.54 
 
 		 323 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  21.55 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  21.55 
 
 		 378 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 462 aa  54.3  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  25.82 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3992  secretion protein HlyD family protein  28.28 
 
 		 407 aa  53.9  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  22.57 
 
 		 378 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  31.22 
 
 		 372 aa  53.5  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  20.19 
 
 		 378 aa  53.9  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  26.25 
 
 		 356 aa  53.5  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5589  HlyD family multidrug resistance protein protein  34.59 
 
 		 346 aa  53.5  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  32.93 
 
 		 367 aa  53.5  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4510  multidrug resistance protein MdtN  27.59 
 
 		 349 aa  53.1  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803564  normal  0.0531786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  27.97 
 
 		 323 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  24.59 
 
 		 397 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  31.02 
 
 		 321 aa  52.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  23.4 
 
 		 354 aa  53.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 407 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3713  secretion protein HlyD family protein  30.67 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.598746 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  27.08 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  29.11 
 
 		 350 aa  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  27.73 
 
 		 381 aa  52.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  24.59 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1503  putative multidrug resistance protein  27.5 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  27.5 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0995  putative multidrug resistance protein  27.5 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>