More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3781 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  87.24 
 
 		 392 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 407 aa  807    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  82.64 
 
 		 409 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  72.14 
 
 		 390 aa  544  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  72.14 
 
 		 387 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  67.97 
 
 		 390 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.53 
 
 		 390 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  69.97 
 
 		 391 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  69.71 
 
 		 391 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  55.53 
 
 		 410 aa  355  6.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.38 
 
 		 438 aa  297  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  43.5 
 
 		 384 aa  285  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 		 414 aa  285  9e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  42.74 
 
 		 414 aa  276  6e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  44.64 
 
 		 408 aa  265  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  44.64 
 
 		 408 aa  264  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  44.12 
 
 		 391 aa  264  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  45.22 
 
 		 445 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  50.16 
 
 		 569 aa  263  4e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  42.53 
 
 		 397 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 		 415 aa  262  8.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  42.49 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  42.49 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  42.49 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  41.79 
 
 		 428 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  41.79 
 
 		 435 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.82 
 
 		 401 aa  257  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  42.93 
 
 		 399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  43.64 
 
 		 420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.78 
 
 		 410 aa  242  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.52 
 
 		 399 aa  239  8e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  40.83 
 
 		 385 aa  239  9e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  42 
 
 		 383 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  41.79 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 		 398 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  40.11 
 
 		 430 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 428 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 399 aa  225  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 401 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  38.76 
 
 		 401 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  38.76 
 
 		 401 aa  224  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  39.68 
 
 		 393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.35 
 
 		 387 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  39.15 
 
 		 393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  36.94 
 
 		 370 aa  216  7e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  36.94 
 
 		 370 aa  216  7e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  36.68 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  41.55 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.58 
 
 		 396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  38.08 
 
 		 405 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.57 
 
 		 397 aa  210  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  39.34 
 
 		 348 aa  209  5e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  38.48 
 
 		 389 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  39.83 
 
 		 444 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  39.07 
 
 		 401 aa  206  8e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  36.86 
 
 		 416 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  36.75 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  36.75 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  36.75 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  36.75 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  36.75 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  36.75 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  37.66 
 
 		 394 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 409 aa  202  6e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  36.75 
 
 		 371 aa  202  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 		 416 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  36.75 
 
 		 371 aa  202  9e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.69 
 
 		 410 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 		 416 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  37.1 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  35.92 
 
 		 405 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  36.65 
 
 		 404 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  37.43 
 
 		 399 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  33.75 
 
 		 396 aa  199  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 393 aa  199  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 		 406 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 416 aa  196  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 		 406 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  35.28 
 
 		 372 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  35.28 
 
 		 372 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  35.28 
 
 		 372 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  35.28 
 
 		 372 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  35.28 
 
 		 372 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 464 aa  189  9e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  32.22 
 
 		 394 aa  187  2e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  31.76 
 
 		 390 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  31.88 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  34.02 
 
 		 397 aa  184  3e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  31.71 
 
 		 390 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  33.43 
 
 		 402 aa  178  1e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  30.03 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  30.59 
 
 		 455 aa  169  7e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  30.59 
 
 		 456 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  33.82 
 
 		 394 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 416 aa  142  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.2 
 
 		 417 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 409 aa  139  7e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  32.7 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 432 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>