166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2768 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2768  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 329 aa  666    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3683  WD-40 repeat protein  77.13 
 
 		 329 aa  531  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925722  normal  0.278325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3385  hypothetical protein  76.22 
 
 		 329 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  0.250549 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3798  hypothetical protein  72.34 
 
 		 328 aa  484  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.599459  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2841  hypothetical protein  67.68 
 
 		 324 aa  463  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0988  WD repeat-containing protein  64.53 
 
 		 324 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0930  ATP/GTP-binding motif-containing protein  64.53 
 
 		 324 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.665917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1372  WD repeat-containing protein  64.33 
 
 		 324 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.823736  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2131  WD-40 repeat-containing protein  46.93 
 
 		 343 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.225533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0918  WD-40 repeat-containing protein  45.43 
 
 		 337 aa  269  4e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3116  WD-40 repeat-containing protein  45.74 
 
 		 335 aa  268  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.616102 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4555  WD-40 repeat-containing protein  48.1 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.999711  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1343  hypothetical protein  45.73 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.808719  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3424  hypothetical protein  45.12 
 
 		 338 aa  265  7e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0709328  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3020  WD-40 repeat protein  45.57 
 
 		 332 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0847  WD-40 repeat-containing protein  46.52 
 
 		 339 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0930  WD-40 repeat protein  45.73 
 
 		 339 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2291  WD-40 repeat protein  47.4 
 
 		 335 aa  258  7e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.620769  normal  0.504571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4832  WD-40 repeat-containing protein  44.21 
 
 		 344 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2615  WD-40 repeat protein  47.11 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.023853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2336  WD-40 repeat-containing protein  47.11 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173512  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0091  WD-40 repeat-containing protein  44.85 
 
 		 337 aa  248  8e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1390  WD-40 repeat protein  50.37 
 
 		 337 aa  247  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0550315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0862  WD-40 repeat-containing protein  50 
 
 		 337 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0610  WD-40 repeat protein  40.48 
 
 		 349 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.520879  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1305  WD-40 repeat-containing protein  41.78 
 
 		 348 aa  209  7e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.461181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0199  WD-40 repeat-containing protein  41.45 
 
 		 340 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246963  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0948  WD repeat-containing protein  37.19 
 
 		 340 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11281  WD-40 repeat-containing G-protein  29.37 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1045  WD-40 repeat-containing protein  30 
 
 		 357 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19081  WD-40 repeat-containing G-protein  29.92 
 
 		 358 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.352529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  30 
 
 		 357 aa  96.3  6e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1038  WD-40 repeat-containing protein  29.92 
 
 		 357 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  29.62 
 
 		 357 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15191  WD-40 repeat-containing G-protein  28.67 
 
 		 345 aa  94.4  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11171  WD-40 repeat-containing G-protein  25.95 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.194374 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  27.17 
 
 		 1190 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1713  WD-40 repeat-containing protein  27.89 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2789  hypothetical protein  28.57 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.70665  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1384  hypothetical protein  28.97 
 
 		 376 aa  67.4  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  25.31 
 
 		 1163 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0889  WD-40 repeat protein  25 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  0.987694 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0863  WD-40 repeat protein  25 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1511  hypothetical protein  27.64 
 
 		 361 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.338028 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3190  WD-40 repeat protein  27.34 
 
 		 358 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  27.14 
 
 		 1363 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  28.05 
 
 		 696 aa  63.5  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  23.63 
 
 		 1229 aa  62.8  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  30.2 
 
 		 1217 aa  62.4  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  23.53 
 
 		 1041 aa  59.3  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.37 
 
 		 1686 aa  59.3  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  24.7 
 
 		 1789 aa  59.3  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.13 
 
 		 1481 aa  58.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.72 
 
 		 1557 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 1221 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3042  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.88 
 
 		 1004 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005148 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  25.87 
 
 		 1858 aa  57.8  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0182471 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  23.4 
 
 		 1510 aa  57  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2355  WD-40 repeat-containing protein  28.57 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.861794  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3489  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.94 
 
 		 1039 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.261998  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  25 
 
 		 1364 aa  55.5  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.07 
 
 		 1240 aa  55.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  27.04 
 
 		 1477 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  25.26 
 
 		 1652 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0727  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.6 
 
 		 833 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.851559  normal  0.037092 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  26.54 
 
 		 1161 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  23.7 
 
 		 1330 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  26.54 
 
 		 1161 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1908  WD-40 repeat protein  24.65 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0987  Serine/threonine protein kinase-related protein  28.52 
 
 		 842 aa  54.3  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.466827  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2673  WD-40 repeat-containing protein  30.46 
 
 		 335 aa  53.9  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.13 
 
 		 1711 aa  53.1  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  29.61 
 
 		 344 aa  53.1  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  27.67 
 
 		 1211 aa  53.1  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  25.93 
 
 		 1766 aa  53.1  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  25.1 
 
 		 1236 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  26.46 
 
 		 919 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1435  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.22 
 
 		 1626 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4252  WD-40 repeat protein  28.64 
 
 		 1209 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23422  hitchhiker  0.00156947 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1627  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.99 
 
 		 630 aa  51.6  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.59765  normal  0.0942713 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 		 1553 aa  51.2  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  29.44 
 
 		 1399 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7190  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  26.56 
 
 		 675 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.01 
 
 		 1267 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  24.38 
 
 		 1656 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03830  general transcriptional repressor, putative  25.15 
 
 		 564 aa  51.2  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  26.58 
 
 		 1367 aa  50.8  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1285  WD-40 repeat-containing protein  27.67 
 
 		 1491 aa  50.8  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  22.93 
 
 		 947 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.53 
 
 		 1607 aa  50.4  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1157 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.76 
 
 		 1583 aa  50.4  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  27.96 
 
 		 1344 aa  50.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.94 
 
 		 1684 aa  50.1  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  25.98 
 
 		 1552 aa  49.7  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5186  WD40 domain-containing protein  22.58 
 
 		 346 aa  49.7  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  25.1 
 
 		 1357 aa  49.7  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.46 
 
 		 740 aa  49.7  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  26.47 
 
 		 1164 aa  49.3  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  23.92 
 
 		 1304 aa  49.7  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>