194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2336 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2615  WD-40 repeat protein  99.1 
 
 		 335 aa  661    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.023853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2336  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 335 aa  665    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173512  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2291  WD-40 repeat protein  93.43 
 
 		 335 aa  629  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.620769  normal  0.504571 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0091  WD-40 repeat-containing protein  76.13 
 
 		 337 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1390  WD-40 repeat protein  74.7 
 
 		 337 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0550315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0862  WD-40 repeat-containing protein  76.19 
 
 		 337 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3020  WD-40 repeat protein  61.49 
 
 		 332 aa  396  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3116  WD-40 repeat-containing protein  59.05 
 
 		 335 aa  388  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.616102 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4555  WD-40 repeat-containing protein  51.2 
 
 		 339 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.999711  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4832  WD-40 repeat-containing protein  52.27 
 
 		 344 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2131  WD-40 repeat-containing protein  50.75 
 
 		 343 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.225533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0930  WD-40 repeat protein  49.24 
 
 		 339 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1343  hypothetical protein  49.25 
 
 		 339 aa  298  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.808719  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0918  WD-40 repeat-containing protein  48.17 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0847  WD-40 repeat-containing protein  47.31 
 
 		 339 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135434 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3424  hypothetical protein  46.69 
 
 		 338 aa  286  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0709328  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2841  hypothetical protein  49.85 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0988  WD repeat-containing protein  49.21 
 
 		 324 aa  277  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0930  ATP/GTP-binding motif-containing protein  49.21 
 
 		 324 aa  275  6e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.665917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1372  WD repeat-containing protein  46.15 
 
 		 324 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.823736  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3798  hypothetical protein  47.56 
 
 		 328 aa  263  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.599459  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3683  WD-40 repeat protein  46.83 
 
 		 329 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925722  normal  0.278325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3385  hypothetical protein  46.22 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  0.250549 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2768  WD-40 repeat-containing protein  47.11 
 
 		 329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0610  WD-40 repeat protein  42.32 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.520879  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0948  WD repeat-containing protein  44.64 
 
 		 340 aa  202  8e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1305  WD-40 repeat-containing protein  43.63 
 
 		 348 aa  202  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.461181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0199  WD-40 repeat-containing protein  40.79 
 
 		 340 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246963  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  29.57 
 
 		 357 aa  109  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1045  WD-40 repeat-containing protein  30.71 
 
 		 357 aa  109  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  30.36 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15191  WD-40 repeat-containing G-protein  29.5 
 
 		 345 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11281  WD-40 repeat-containing G-protein  29.68 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1038  WD-40 repeat-containing protein  28.84 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11171  WD-40 repeat-containing G-protein  28.66 
 
 		 357 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.194374 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19081  WD-40 repeat-containing G-protein  29.06 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.352529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0286  WD-40 repeat-containing protein  29.15 
 
 		 386 aa  99.8  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.639022 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0863  WD-40 repeat protein  28.62 
 
 		 358 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0889  WD-40 repeat protein  28.27 
 
 		 358 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  0.987694 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5186  WD40 domain-containing protein  30.03 
 
 		 346 aa  96.3  7e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3190  WD-40 repeat protein  28.27 
 
 		 358 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1713  WD-40 repeat-containing protein  35.15 
 
 		 367 aa  85.9  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1908  WD-40 repeat protein  28.53 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  25.53 
 
 		 1363 aa  72.8  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1511  hypothetical protein  30.4 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.338028 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  26.69 
 
 		 1163 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1384  hypothetical protein  27.05 
 
 		 376 aa  66.2  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  27.92 
 
 		 1236 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2789  hypothetical protein  30.63 
 
 		 361 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.70665  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  28.78 
 
 		 1552 aa  63.2  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  27.74 
 
 		 696 aa  62.8  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  29.09 
 
 		 1190 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  27.96 
 
 		 1364 aa  61.2  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.2 
 
 		 1760 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  26.84 
 
 		 1161 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  26.84 
 
 		 1161 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1263  WD-40 repeat protein  26.9 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.90623  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  28.11 
 
 		 1348 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  28.5 
 
 		 1652 aa  58.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2588  WD-40 repeat protein  23.59 
 
 		 1188 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994241 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  24.15 
 
 		 1477 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1789 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  27.4 
 
 		 1262 aa  57  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0315  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  25.4 
 
 		 924 aa  56.6  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3255  WD-40 repeat-containing protein  28.32 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0515461  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0132  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.25 
 
 		 682 aa  56.2  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.876477  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6227  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  29.12 
 
 		 943 aa  56.2  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.174955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  26.24 
 
 		 1766 aa  55.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.21 
 
 		 1711 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  27.17 
 
 		 1831 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2378  WD-40 repeat protein  25.42 
 
 		 1016 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2429  WD-40 repeat protein  25.42 
 
 		 1016 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  26.62 
 
 		 1807 aa  55.5  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  29.2 
 
 		 740 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  24.34 
 
 		 1164 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 		 1334 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3865  WD-40 repeat protein  26.94 
 
 		 371 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.67 
 
 		 676 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1858 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0182471 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  24.38 
 
 		 1399 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3558  protein kinase  24.39 
 
 		 1100 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.911308  normal  0.0649803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  26.48 
 
 		 1280 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  23.51 
 
 		 1510 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  27.84 
 
 		 1401 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.1 
 
 		 1599 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3914  WD-40 repeat protein  26.94 
 
 		 366 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.152653  normal  0.245593 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  27.93 
 
 		 1217 aa  53.5  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08183  small nucleolar ribonucleoprotein complex subunit (Pwp2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03090)  24.79 
 
 		 851 aa  53.1  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.559435  normal  0.60601 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  27.2 
 
 		 344 aa  53.1  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.88 
 
 		 1481 aa  53.1  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  28.93 
 
 		 1214 aa  53.1  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2844  WD-40 repeat-containing protein  27.74 
 
 		 440 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0095  WD-40 repeat-containing protein  24.73 
 
 		 342 aa  52.8  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  24.22 
 
 		 1553 aa  52.8  0.000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4408  WD-40 repeat protein  29.69 
 
 		 1177 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.760311 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.44 
 
 		 1240 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 		 1196 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2851  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25 
 
 		 677 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  25.99 
 
 		 1344 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  26.19 
 
 		 947 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>