126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3798 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3798  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.599459  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3385  hypothetical protein  73.78 
 
 		 329 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  0.250549 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3683  WD-40 repeat protein  74.09 
 
 		 329 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925722  normal  0.278325 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2768  WD-40 repeat-containing protein  72.34 
 
 		 329 aa  484  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2841  hypothetical protein  64.53 
 
 		 324 aa  438  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0988  WD repeat-containing protein  63 
 
 		 324 aa  427  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0930  ATP/GTP-binding motif-containing protein  63 
 
 		 324 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.665917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1372  WD repeat-containing protein  62.39 
 
 		 324 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.823736  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3020  WD-40 repeat protein  47.87 
 
 		 332 aa  287  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1343  hypothetical protein  48.01 
 
 		 339 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.808719  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3116  WD-40 repeat-containing protein  46.08 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.616102 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4832  WD-40 repeat-containing protein  47.85 
 
 		 344 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4555  WD-40 repeat-containing protein  49.52 
 
 		 339 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.999711  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0847  WD-40 repeat-containing protein  48.88 
 
 		 339 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2131  WD-40 repeat-containing protein  47.06 
 
 		 343 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.225533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0930  WD-40 repeat protein  48.63 
 
 		 339 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3424  hypothetical protein  45.26 
 
 		 338 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0709328  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0918  WD-40 repeat-containing protein  44.34 
 
 		 337 aa  266  5e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2291  WD-40 repeat protein  47.56 
 
 		 335 aa  266  5e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.620769  normal  0.504571 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2615  WD-40 repeat protein  47.56 
 
 		 335 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.023853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2336  WD-40 repeat-containing protein  47.56 
 
 		 335 aa  263  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173512  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0091  WD-40 repeat-containing protein  46.36 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1390  WD-40 repeat protein  51.42 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0550315  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0862  WD-40 repeat-containing protein  47.88 
 
 		 337 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0610  WD-40 repeat protein  43.43 
 
 		 349 aa  208  8e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.520879  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1305  WD-40 repeat-containing protein  41.2 
 
 		 348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.461181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0199  WD-40 repeat-containing protein  41.97 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246963  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0948  WD repeat-containing protein  37.41 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1038  WD-40 repeat-containing protein  29.55 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11281  WD-40 repeat-containing G-protein  26.93 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19081  WD-40 repeat-containing G-protein  28.74 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.352529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1045  WD-40 repeat-containing protein  28.69 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  28.69 
 
 		 357 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15191  WD-40 repeat-containing G-protein  29.96 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  28.69 
 
 		 357 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1713  WD-40 repeat-containing protein  31.84 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1384  hypothetical protein  29.56 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  27.8 
 
 		 1190 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11171  WD-40 repeat-containing G-protein  31.1 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.194374 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  26.72 
 
 		 696 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  29.06 
 
 		 1163 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  27.14 
 
 		 1858 aa  62  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0182471 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5186  WD40 domain-containing protein  24.77 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  29.67 
 
 		 1363 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  24.74 
 
 		 1789 aa  58.9  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  25.94 
 
 		 1348 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  26.9 
 
 		 1364 aa  58.5  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.86 
 
 		 1267 aa  57  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3190  WD-40 repeat protein  24.46 
 
 		 358 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  27.72 
 
 		 947 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  30.17 
 
 		 919 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4252  WD-40 repeat protein  30.48 
 
 		 1209 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23422  hitchhiker  0.00156947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7190  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  26.89 
 
 		 675 aa  53.9  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  26.07 
 
 		 1161 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  26.07 
 
 		 1161 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1908  WD-40 repeat protein  24.39 
 
 		 365 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0863  WD-40 repeat protein  23.86 
 
 		 358 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.24 
 
 		 1240 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.56 
 
 		 1760 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  25.48 
 
 		 1304 aa  52  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0889  WD-40 repeat protein  23.69 
 
 		 358 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  0.987694 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  25.46 
 
 		 1236 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0286  WD-40 repeat-containing protein  24.82 
 
 		 386 aa  49.7  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.639022 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  28.09 
 
 		 1217 aa  50.1  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  21.79 
 
 		 1656 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1263  WD-40 repeat protein  26.54 
 
 		 377 aa  49.3  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.90623  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03830  general transcriptional repressor, putative  25.29 
 
 		 564 aa  48.9  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  25.36 
 
 		 1552 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.91 
 
 		 1711 aa  49.3  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  26.6 
 
 		 1443 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.94 
 
 		 1557 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  28.77 
 
 		 1474 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3867  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.38 
 
 		 576 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3450  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.59 
 
 		 1076 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.88473  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  27.05 
 
 		 1357 aa  47.8  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5032  pentapeptide repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1190 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.234505 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  25.88 
 
 		 1399 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  28.92 
 
 		 1901 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0754  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.5 
 
 		 757 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1435  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.56 
 
 		 1626 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  29.52 
 
 		 1547 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4252  WD-40 repeat-containing protein  26.89 
 
 		 1424 aa  47  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.501692  normal  0.871737 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.14 
 
 		 676 aa  46.6  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  21.93 
 
 		 1652 aa  46.2  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.95 
 
 		 1609 aa  46.2  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1841  WD-40 repeat-containing protein  23.48 
 
 		 1661 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 1221 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1627  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.54 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.59765  normal  0.0942713 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  21.65 
 
 		 1481 aa  45.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  21.74 
 
 		 1330 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.05 
 
 		 1607 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0373  WD-40 repeat protein  24.08 
 
 		 316 aa  45.4  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000526871  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.94 
 
 		 1599 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4408  WD-40 repeat protein  27.66 
 
 		 1177 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.760311 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.44 
 
 		 1623 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2891  WD-40 repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1714 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238858 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  23.35 
 
 		 1477 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1091  WD-40 repeat-containing protein  33.85 
 
 		 1402 aa  44.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2355  WD-40 repeat-containing protein  23.08 
 
 		 316 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.861794  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2218  WD-40 repeat protein  24.7 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.845961  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>