188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4555 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4555  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 339 aa  683    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.999711  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0847  WD-40 repeat-containing protein  89.09 
 
 		 339 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0930  WD-40 repeat protein  81.71 
 
 		 339 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4832  WD-40 repeat-containing protein  75.22 
 
 		 344 aa  534  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1343  hypothetical protein  70.5 
 
 		 339 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.808719  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3424  hypothetical protein  69.79 
 
 		 338 aa  489  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0709328  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0918  WD-40 repeat-containing protein  67.76 
 
 		 337 aa  484  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2131  WD-40 repeat-containing protein  55.35 
 
 		 343 aa  350  3e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.225533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2291  WD-40 repeat protein  52.41 
 
 		 335 aa  319  5e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.620769  normal  0.504571 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1390  WD-40 repeat protein  52.28 
 
 		 337 aa  315  6e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0550315  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2615  WD-40 repeat protein  51.5 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.023853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0862  WD-40 repeat-containing protein  54.1 
 
 		 337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2336  WD-40 repeat-containing protein  51.2 
 
 		 335 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173512  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0091  WD-40 repeat-containing protein  50 
 
 		 337 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3020  WD-40 repeat protein  48.79 
 
 		 332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3116  WD-40 repeat-containing protein  47.9 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.616102 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2841  hypothetical protein  48.62 
 
 		 324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3798  hypothetical protein  49.52 
 
 		 328 aa  275  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.599459  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3683  WD-40 repeat protein  48.9 
 
 		 329 aa  275  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925722  normal  0.278325 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0988  WD repeat-containing protein  47.33 
 
 		 324 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0930  ATP/GTP-binding motif-containing protein  47.33 
 
 		 324 aa  273  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.665917  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3385  hypothetical protein  48.59 
 
 		 329 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  0.250549 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1372  WD repeat-containing protein  47.49 
 
 		 324 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.823736  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2768  WD-40 repeat-containing protein  48.1 
 
 		 329 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0610  WD-40 repeat protein  41.11 
 
 		 349 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.520879  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1305  WD-40 repeat-containing protein  40.49 
 
 		 348 aa  195  7e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.461181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0199  WD-40 repeat-containing protein  40.29 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246963  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0948  WD repeat-containing protein  38.11 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1045  WD-40 repeat-containing protein  27.27 
 
 		 357 aa  106  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  27.5 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  26.97 
 
 		 357 aa  102  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1038  WD-40 repeat-containing protein  31.38 
 
 		 357 aa  99.4  9e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19081  WD-40 repeat-containing G-protein  31.67 
 
 		 358 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.352529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3190  WD-40 repeat protein  27.78 
 
 		 358 aa  96.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11281  WD-40 repeat-containing G-protein  28.81 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11171  WD-40 repeat-containing G-protein  29.39 
 
 		 357 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.194374 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1713  WD-40 repeat-containing protein  29.1 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15191  WD-40 repeat-containing G-protein  28.26 
 
 		 345 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0863  WD-40 repeat protein  25.72 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5186  WD40 domain-containing protein  26.87 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1908  WD-40 repeat protein  26.07 
 
 		 365 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0889  WD-40 repeat protein  25.4 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  0.987694 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  28.21 
 
 		 1807 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  24.63 
 
 		 947 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.17 
 
 		 1481 aa  74.3  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0286  WD-40 repeat-containing protein  26.09 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.639022 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  24.64 
 
 		 1190 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  24.64 
 
 		 1163 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  27.24 
 
 		 1766 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  24.09 
 
 		 1831 aa  68.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06803  Pfs, NACHT and WD domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G07100)  29.19 
 
 		 790 aa  68.2  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649934  normal  0.339572 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  23.69 
 
 		 1363 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1384  hypothetical protein  29.05 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  28.85 
 
 		 1364 aa  65.9  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  25.33 
 
 		 1789 aa  64.7  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  26.17 
 
 		 1510 aa  63.9  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.32 
 
 		 676 aa  63.5  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  26.69 
 
 		 1477 aa  62  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  28.48 
 
 		 1304 aa  62  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  25.09 
 
 		 1236 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  24.91 
 
 		 1474 aa  62  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1229 aa  60.8  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  21.82 
 
 		 1760 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  26.33 
 
 		 1553 aa  61.2  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2891  WD-40 repeat-containing protein  24.28 
 
 		 1714 aa  60.5  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238858 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  25.99 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  30.73 
 
 		 1401 aa  60.1  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.8 
 
 		 740 aa  59.3  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  25.69 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1858 aa  59.7  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0182471 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  24.5 
 
 		 1262 aa  58.9  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3070  WD-40 repeat protein  30.74 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1921  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.53 
 
 		 642 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0364982  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2844  WD-40 repeat-containing protein  31.11 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.85 
 
 		 1684 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4252  WD-40 repeat protein  25.13 
 
 		 1209 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23422  hitchhiker  0.00156947 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  23.84 
 
 		 1348 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  26.79 
 
 		 1443 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6771  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.91 
 
 		 737 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5355  WD-40 repeat protein  24.41 
 
 		 1411 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.92 
 
 		 1599 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  26.81 
 
 		 696 aa  57  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0056  WD-40 repeat-containing tyrosine protein kinase  27.31 
 
 		 742 aa  56.6  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.718605  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1841  WD-40 repeat-containing protein  25.48 
 
 		 1661 aa  57  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  24.2 
 
 		 1188 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  24.19 
 
 		 1652 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1552 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  29.62 
 
 		 1217 aa  56.6  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0315  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  27.15 
 
 		 924 aa  56.2  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0546  WD repeat-containing protein  22.74 
 
 		 505 aa  56.2  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  31.05 
 
 		 1344 aa  56.2  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3558  protein kinase  24.91 
 
 		 1100 aa  55.8  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.911308  normal  0.0649803 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  24.33 
 
 		 1193 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  25.09 
 
 		 1656 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  28.46 
 
 		 919 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.4 
 
 		 1686 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  26.15 
 
 		 1214 aa  54.7  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1354  WD-40 repeat protein  25.12 
 
 		 437 aa  53.5  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0105276  hitchhiker  0.000000574581 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0727  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.29 
 
 		 833 aa  53.1  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.851559  normal  0.037092 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3934  WD-40 repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1599 aa  53.5  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.146607  unclonable  0.000100505 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>