193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4832 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4832  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 344 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4555  WD-40 repeat-containing protein  75.22 
 
 		 339 aa  534  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.999711  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0930  WD-40 repeat protein  72.27 
 
 		 339 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0847  WD-40 repeat-containing protein  71.68 
 
 		 339 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1343  hypothetical protein  67.55 
 
 		 339 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.808719  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0918  WD-40 repeat-containing protein  64.48 
 
 		 337 aa  457  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3424  hypothetical protein  65.35 
 
 		 338 aa  456  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0709328  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2131  WD-40 repeat-containing protein  55.18 
 
 		 343 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.225533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2291  WD-40 repeat protein  52.87 
 
 		 335 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.620769  normal  0.504571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3116  WD-40 repeat-containing protein  51.2 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.616102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1390  WD-40 repeat protein  51.05 
 
 		 337 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0550315  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2615  WD-40 repeat protein  52.27 
 
 		 335 aa  311  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.023853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2336  WD-40 repeat-containing protein  52.27 
 
 		 335 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173512  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0862  WD-40 repeat-containing protein  52.25 
 
 		 337 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0091  WD-40 repeat-containing protein  49.09 
 
 		 337 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3020  WD-40 repeat protein  48.01 
 
 		 332 aa  301  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0988  WD repeat-containing protein  46.75 
 
 		 324 aa  282  6.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0930  ATP/GTP-binding motif-containing protein  46.75 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.665917  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3798  hypothetical protein  47.85 
 
 		 328 aa  276  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.599459  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2841  hypothetical protein  45.03 
 
 		 324 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1372  WD repeat-containing protein  43.65 
 
 		 324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.823736  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3385  hypothetical protein  46.34 
 
 		 329 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  0.250549 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3683  WD-40 repeat protein  45.43 
 
 		 329 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925722  normal  0.278325 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2768  WD-40 repeat-containing protein  44.21 
 
 		 329 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0610  WD-40 repeat protein  42.51 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.520879  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1305  WD-40 repeat-containing protein  41.98 
 
 		 348 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.461181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0199  WD-40 repeat-containing protein  39.13 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246963  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0948  WD repeat-containing protein  37.1 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1713  WD-40 repeat-containing protein  32.09 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1038  WD-40 repeat-containing protein  28.4 
 
 		 357 aa  99.4  7e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19081  WD-40 repeat-containing G-protein  28.68 
 
 		 358 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.352529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3190  WD-40 repeat protein  28.26 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1045  WD-40 repeat-containing protein  29.46 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11171  WD-40 repeat-containing G-protein  32.81 
 
 		 357 aa  96.3  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.194374 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  29.05 
 
 		 357 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11361  WD-40 repeat-containing G-protein  29.39 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11281  WD-40 repeat-containing G-protein  28.51 
 
 		 357 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5186  WD40 domain-containing protein  25.32 
 
 		 346 aa  88.6  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  29.48 
 
 		 1807 aa  87  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15191  WD-40 repeat-containing G-protein  31.05 
 
 		 345 aa  86.7  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0863  WD-40 repeat protein  24.61 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0889  WD-40 repeat protein  24.29 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  0.987694 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.16 
 
 		 1481 aa  75.5  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1908  WD-40 repeat protein  25.65 
 
 		 365 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  27.7 
 
 		 1766 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  23.57 
 
 		 1789 aa  73.6  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1384  hypothetical protein  33.51 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0286  WD-40 repeat-containing protein  23.47 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.639022 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  25.4 
 
 		 1510 aa  69.7  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  26.42 
 
 		 1477 aa  68.9  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  26.15 
 
 		 1236 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  26.33 
 
 		 1190 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  23.73 
 
 		 1363 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  24.84 
 
 		 1552 aa  67.4  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  31.13 
 
 		 1304 aa  67  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  27.48 
 
 		 1364 aa  64.7  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  25.16 
 
 		 1163 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2891  WD-40 repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1714 aa  63.2  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238858 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.4 
 
 		 740 aa  62.8  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  24.01 
 
 		 1831 aa  62.4  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  24.83 
 
 		 1652 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.74 
 
 		 676 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  28.43 
 
 		 1553 aa  62  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  28.87 
 
 		 696 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  25.47 
 
 		 344 aa  61.6  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  24.8 
 
 		 1161 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  26.47 
 
 		 1443 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  24.8 
 
 		 1161 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5355  WD-40 repeat protein  24.2 
 
 		 1411 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113671 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  27 
 
 		 1348 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  25.64 
 
 		 1229 aa  58.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  24.67 
 
 		 947 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  28.87 
 
 		 1858 aa  58.9  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0182471 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3867  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.94 
 
 		 576 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4408  WD-40 repeat protein  25.53 
 
 		 1177 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.760311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6771  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.71 
 
 		 737 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  25.16 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.62 
 
 		 1711 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  23.88 
 
 		 1164 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3934  WD-40 repeat-containing protein  23.86 
 
 		 1599 aa  56.2  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.146607  unclonable  0.000100505 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  24.76 
 
 		 1523 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0067  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.06 
 
 		 622 aa  56.2  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06803  Pfs, NACHT and WD domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G07100)  26.49 
 
 		 790 aa  55.8  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649934  normal  0.339572 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1354  WD-40 repeat protein  25.6 
 
 		 437 aa  55.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0105276  hitchhiker  0.000000574581 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1841  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 		 1661 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7190  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  27.43 
 
 		 675 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  29 
 
 		 1217 aa  55.8  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  26.04 
 
 		 1041 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0987  Serine/threonine protein kinase-related protein  27.69 
 
 		 842 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.466827  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0373  WD-40 repeat protein  27.01 
 
 		 316 aa  55.1  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000526871  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1624  WD-40 repeat-containing protein  22.62 
 
 		 1176 aa  54.3  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.228401 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  24.84 
 
 		 1656 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50593  predicted protein  27.56 
 
 		 617 aa  54.7  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.594901  normal  0.592668 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  22.73 
 
 		 1262 aa  54.3  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  30 
 
 		 1344 aa  53.9  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0546  WD repeat-containing protein  22.22 
 
 		 505 aa  53.5  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0315  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  34.26 
 
 		 924 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  26.05 
 
 		 1280 aa  52.8  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  24.23 
 
 		 1196 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  24.34 
 
 		 1474 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>