72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3238 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3238  hypothetical protein  100 
 
 		 652 aa  1297    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359216  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  70.33 
 
 		 638 aa  314  3.9999999999999997e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3237  cellulase  67.13 
 
 		 630 aa  203  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2261  hypothetical protein  34.33 
 
 		 832 aa  133  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000443628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7141  coagulation factor 5/8 type domain protein  33.9 
 
 		 538 aa  133  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  normal  0.195256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0761  hypothetical protein  32.59 
 
 		 363 aa  120  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28530  hypothetical protein  30.29 
 
 		 364 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0528408  normal  0.0603049 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2872  hypothetical protein  49 
 
 		 877 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.44334  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7283  hypothetical protein  31.48 
 
 		 377 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.581256  normal  0.255924 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3428  hypothetical protein  35.56 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.660009  hitchhiker  0.0000342661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3918  hypothetical protein  53.01 
 
 		 409 aa  95.5  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135148  normal  0.570167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  46.32 
 
 		 675 aa  93.2  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2985  hypothetical protein  30.54 
 
 		 667 aa  84.3  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000400495  hitchhiker  0.00618409 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2044  parallel beta-helix repeat-containing protein  29.35 
 
 		 367 aa  73.2  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.039257  normal  0.183616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  33.79 
 
 		 1024 aa  66.6  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0242  Band 7 protein  28.38 
 
 		 681 aa  65.9  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  31.58 
 
 		 933 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  33.93 
 
 		 1707 aa  65.1  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  30.82 
 
 		 1799 aa  64.3  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  29.79 
 
 		 863 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  28.03 
 
 		 855 aa  60.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  28.86 
 
 		 802 aa  59.7  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  30.94 
 
 		 500 aa  58.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  30.99 
 
 		 739 aa  58.5  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  31.47 
 
 		 1167 aa  57.8  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  25 
 
 		 1004 aa  57.8  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  30.07 
 
 		 819 aa  57.4  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  25.68 
 
 		 972 aa  57.4  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  28.04 
 
 		 823 aa  57  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  29.79 
 
 		 982 aa  55.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  32.47 
 
 		 918 aa  56.6  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  28.57 
 
 		 786 aa  55.5  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  29.61 
 
 		 870 aa  54.7  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  28.95 
 
 		 840 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  28.38 
 
 		 845 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  29.37 
 
 		 425 aa  53.5  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  27.97 
 
 		 1035 aa  53.9  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0482  hypothetical protein  47.37 
 
 		 156 aa  53.1  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  28.08 
 
 		 630 aa  53.1  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  26.53 
 
 		 719 aa  52  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  30.21 
 
 		 877 aa  51.6  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  24.86 
 
 		 777 aa  52  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  28.82 
 
 		 1338 aa  51.6  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  28.67 
 
 		 1295 aa  50.8  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  29.45 
 
 		 550 aa  50.8  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  25.84 
 
 		 1234 aa  50.4  0.00009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  28.38 
 
 		 1356 aa  50.8  0.00009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2599  hypothetical protein  26.7 
 
 		 820 aa  50.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  29.49 
 
 		 1380 aa  50.4  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  25.52 
 
 		 610 aa  49.7  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  30.08 
 
 		 930 aa  49.3  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  30.26 
 
 		 522 aa  49.7  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  26.62 
 
 		 954 aa  48.9  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.41 
 
 		 1321 aa  47.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2850  hypothetical protein  25.46 
 
 		 540 aa  47.8  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000112945  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  26.57 
 
 		 733 aa  47.8  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  26.21 
 
 		 801 aa  47.8  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  31.85 
 
 		 1091 aa  46.6  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  26.62 
 
 		 426 aa  47  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1469  Carbohydrate binding family 6  30.2 
 
 		 735 aa  47  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  29.53 
 
 		 3295 aa  46.2  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  23.31 
 
 		 869 aa  45.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0405  Carbohydrate binding family 6  29.05 
 
 		 749 aa  45.4  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.85643 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  22.84 
 
 		 1132 aa  45.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  32.8 
 
 		 505 aa  45.4  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  28.83 
 
 		 627 aa  45.1  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  28.5 
 
 		 462 aa  44.7  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  29.53 
 
 		 1732 aa  44.3  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  24.24 
 
 		 338 aa  44.7  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  28.22 
 
 		 705 aa  44.3  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  32.65 
 
 		 2554 aa  43.9  0.009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  27.87 
 
 		 375 aa  43.9  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.195558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>