38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2946 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  100 
 
 		 733 aa  1461    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  65.31 
 
 		 426 aa  535  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  65.5 
 
 		 425 aa  532  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  39.18 
 
 		 489 aa  241  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0608  hypothetical protein  61.14 
 
 		 452 aa  214  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  37.53 
 
 		 437 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  37.68 
 
 		 437 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  35.96 
 
 		 439 aa  198  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  37.59 
 
 		 750 aa  193  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  40.65 
 
 		 338 aa  193  8e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3007  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  58.7 
 
 		 424 aa  190  7e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014113 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  37.59 
 
 		 439 aa  190  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  37.72 
 
 		 415 aa  190  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  33.48 
 
 		 458 aa  188  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  34.73 
 
 		 653 aa  173  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  36.56 
 
 		 616 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  33.41 
 
 		 1409 aa  166  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  32.94 
 
 		 540 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  37.06 
 
 		 1431 aa  140  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  35.23 
 
 		 907 aa  139  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  33.23 
 
 		 576 aa  134  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  31.3 
 
 		 410 aa  134  6.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  34.59 
 
 		 700 aa  129  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  32.76 
 
 		 922 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  34.48 
 
 		 742 aa  125  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  29.71 
 
 		 491 aa  124  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  31.03 
 
 		 734 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  31.87 
 
 		 734 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  29.38 
 
 		 744 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  30.36 
 
 		 547 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  30.82 
 
 		 744 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.86 
 
 		 694 aa  100  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00565  pectate lyase L  33.33 
 
 		 217 aa  68.6  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0327  Peptidase S53 propeptide  27.73 
 
 		 1199 aa  53.1  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0684029  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1314  Fibronectin type III domain protein  32.58 
 
 		 211 aa  52.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000146829  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3238  hypothetical protein  25.17 
 
 		 652 aa  46.2  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359216  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  31.01 
 
 		 1316 aa  45.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0957  PA14 domain protein  26.98 
 
 		 3802 aa  45.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.168147 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>