34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0704 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  100 
 
 		 675 aa  1406    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  36.99 
 
 		 786 aa  230  8e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  32.92 
 
 		 405 aa  203  9e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  34.2 
 
 		 386 aa  203  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3428  hypothetical protein  55.76 
 
 		 720 aa  193  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.660009  hitchhiker  0.0000342661 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  25.12 
 
 		 1066 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  27.93 
 
 		 767 aa  109  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  60.42 
 
 		 550 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  25.46 
 
 		 739 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  25.52 
 
 		 739 aa  105  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  30.58 
 
 		 385 aa  97.8  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  26.14 
 
 		 757 aa  96.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  26.77 
 
 		 718 aa  94.7  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2872  hypothetical protein  45.83 
 
 		 877 aa  88.2  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.44334  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2675  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  26.67 
 
 		 834 aa  84  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343316 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  25.72 
 
 		 555 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3238  hypothetical protein  46.32 
 
 		 652 aa  82  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359216  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3918  hypothetical protein  44.44 
 
 		 409 aa  80.1  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135148  normal  0.570167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  50.55 
 
 		 638 aa  80.1  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  24.93 
 
 		 741 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  24.94 
 
 		 741 aa  73.9  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  24.94 
 
 		 741 aa  73.9  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07279  GPI anchored protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01300)  27.36 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2985  hypothetical protein  33.66 
 
 		 667 aa  58.2  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000400495  hitchhiker  0.00618409 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0542  glycoside hydrolase family 18  31.67 
 
 		 703 aa  53.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.218928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3065  PA14 domain-containing protein  29.3 
 
 		 14944 aa  52.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5511  hypothetical protein  38.95 
 
 		 1452 aa  50.8  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1285  hypothetical protein  34.34 
 
 		 491 aa  48.9  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000225466  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000210  chitodextrinase precursor  25 
 
 		 1054 aa  48.1  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0800752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1239  bifunctional acetylxylan esterase/xylanase, CBM4 module, glycoside hydrolase family 10 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  33.66 
 
 		 1414 aa  47.8  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.830301 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1540  chitinase  28.17 
 
 		 846 aa  47  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.987868  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05945  chitinase  26.22 
 
 		 1053 aa  46.2  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2184  Chitinase  27.35 
 
 		 1362 aa  45.4  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723588 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2852  beta-glycosidase-like protein  33.33 
 
 		 1152 aa  45.4  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.359276  normal  0.0739949 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>