107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_A0116 on replicon NC_010660
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010660  SbBS512_A0116  TonB family C-terminal domain protein  100 
 
 
258 aa  525  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3468  TonB family protein  42.28 
 
 
266 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0134  TonB domain-containing protein  37.25 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3890  TonB domain-containing protein  37.25 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.544733 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4082  TonB family protein  37.25 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  31.47 
 
 
273 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0203  TonB, C-terminal  40.82 
 
 
248 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  29.52 
 
 
285 aa  92  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0067  tonB protein  41.49 
 
 
248 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  47.31 
 
 
265 aa  88.6  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5308  TonB family protein  38.35 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5217  TonB family protein  38.35 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.315671 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5356  TonB family protein  38.35 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.772268  normal  0.884832 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1047  putative TonB-dependent colicin receptor protein  26.94 
 
 
279 aa  86.7  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.710809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  27.21 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0749  TonB-like  29.81 
 
 
269 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  27.6 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5557  TonB-like  34.85 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2053  TonB like protein  41.94 
 
 
256 aa  82  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  27.2 
 
 
239 aa  82  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  23.11 
 
 
248 aa  81.6  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0165  TonB family protein  40.82 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0705  TonB protein  26.64 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2038  TonB like protein  26.64 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.970768  normal  0.85242 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  33.57 
 
 
292 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  36.22 
 
 
250 aa  78.2  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  39.78 
 
 
286 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  40.86 
 
 
290 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1657  TonB-like protein  36.22 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0824  TonB family protein  40.43 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0481121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2092  TonB-like protein  26.67 
 
 
264 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.014367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2230  energy transducer  40 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0613  TonB family protein  39.22 
 
 
495 aa  69.3  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00466387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3331  TonB-like  25.1 
 
 
264 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.616701 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  35.87 
 
 
269 aa  67.8  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  35.48 
 
 
317 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2391  TonB family protein  44 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.533007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3695  TonB family protein  29.15 
 
 
282 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1982  TonB-like  35.56 
 
 
266 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153841  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  38.1 
 
 
268 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  38.1 
 
 
268 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  31.68 
 
 
336 aa  62.4  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  38.1 
 
 
268 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7000  hypothetical protein  33.65 
 
 
154 aa  61.6  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695854 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10610  TonB protein  35.71 
 
 
280 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.94051  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4275  TonB family protein  38.2 
 
 
277 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0101728 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  28.67 
 
 
324 aa  60.1  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3965  TonB family protein  30.47 
 
 
264 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2359  TonB-like  39.39 
 
 
278 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2101  TonB family protein  31.52 
 
 
171 aa  58.9  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.483665  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2065  TonB family protein  33.64 
 
 
201 aa  58.5  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3545  putative energy transducer TonB  26.15 
 
 
269 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2937  TonB family protein  41.89 
 
 
411 aa  58.5  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5125  TonB family protein  30.53 
 
 
263 aa  57.4  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  25.36 
 
 
305 aa  57.4  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  32.32 
 
 
235 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  37.04 
 
 
235 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4086  TonB family protein  28.57 
 
 
295 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0148952  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1544  TonB-like  30.48 
 
 
248 aa  53.1  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  30.25 
 
 
308 aa  52.4  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2822  TonB-like  36.56 
 
 
114 aa  52.4  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.628558  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  32.97 
 
 
219 aa  52.4  0.000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0689  TonB protein  27.96 
 
 
250 aa  52  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0675786  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1368  TonB family protein  31.53 
 
 
277 aa  51.6  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1517  TonB-like  29.24 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0183  TonB family protein  37.63 
 
 
251 aa  50.1  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.144886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1944  TonB family protein  30.86 
 
 
242 aa  50.1  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2301  TonB family protein  30.86 
 
 
242 aa  50.1  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1027  TonB, C-terminal  32.98 
 
 
235 aa  49.7  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2306  TonB-like protein  31.18 
 
 
246 aa  49.7  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0143972 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1015  TonB protein  35.44 
 
 
291 aa  49.7  0.00005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0891  TonB family protein  35.44 
 
 
291 aa  49.7  0.00005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170067  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  26.09 
 
 
263 aa  48.9  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  31.68 
 
 
292 aa  48.9  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3266  TonB family protein  26.4 
 
 
451 aa  48.5  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0913504 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0849  TonB, putative  19.91 
 
 
249 aa  48.5  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00146132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0898  TonB family protein  43.1 
 
 
202 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0902  TonB family protein  43.1 
 
 
164 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.377774  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0443  TonB family protein  34 
 
 
284 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0369  TonB-like protein  28.4 
 
 
300 aa  48.1  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3091  TonB family protein  37.97 
 
 
294 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.370908 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0737  TonB family protein  24.81 
 
 
251 aa  47.4  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3668  TonB family protein  32.05 
 
 
244 aa  46.6  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3748  TonB family protein  37.88 
 
 
88 aa  46.6  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0559  TonB family protein  24.16 
 
 
220 aa  46.2  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.334223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0789  TonB-like protein  30.08 
 
 
269 aa  45.8  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000813282  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2144  TonB family protein  31.63 
 
 
296 aa  45.8  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  30.08 
 
 
289 aa  45.4  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1269  TonB protein  27.23 
 
 
263 aa  45.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.111983  normal  0.123169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2307  TonB like protein  27.23 
 
 
263 aa  45.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.242598  normal  0.294418 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0644  TonB-like  36.71 
 
 
233 aa  45.4  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1845  TonB family protein  28.87 
 
 
268 aa  44.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1467  TonB family protein  31.17 
 
 
265 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.132532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1133  TonB family protein  28.03 
 
 
270 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0392  ATP-binding protein  35.71 
 
 
257 aa  44.3  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.511226  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0567  TonB family protein  36.46 
 
 
182 aa  44.3  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.584619  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0401  TonB family protein  31.73 
 
 
274 aa  43.9  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.236004  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1537  TonB family protein  24.76 
 
 
261 aa  43.1  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0720  TonB, C-terminal  32.32 
 
 
216 aa  43.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.274821 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3417  TonB protein  42 
 
 
178 aa  42.7  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>