119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4542 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  100 
 
 		 265 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  70.11 
 
 		 251 aa  294  8e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  33.33 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  32.04 
 
 		 292 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  33.33 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3331  TonB-like  30.96 
 
 		 264 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.616701 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  33.33 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0749  TonB-like  32.94 
 
 		 269 aa  92.8  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0134  TonB domain-containing protein  47.06 
 
 		 267 aa  92  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3890  TonB domain-containing protein  47.06 
 
 		 267 aa  92  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.544733 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4082  TonB family protein  47.06 
 
 		 267 aa  92  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0116  TonB family C-terminal domain protein  44.26 
 
 		 258 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0705  TonB protein  29.79 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2038  TonB like protein  29.79 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.970768  normal  0.85242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5557  TonB-like  45 
 
 		 248 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1657  TonB-like protein  36.05 
 
 		 279 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  47.31 
 
 		 273 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2092  TonB-like protein  28.47 
 
 		 264 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.014367 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0824  TonB family protein  48.89 
 
 		 291 aa  89  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0481121 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  41.44 
 
 		 250 aa  87.8  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3965  TonB family protein  31.11 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3468  TonB family protein  46.49 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  41.41 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1982  TonB-like  44.94 
 
 		 266 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2053  TonB like protein  30.57 
 
 		 256 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0067  tonB protein  52.56 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  42.55 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  27.08 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0203  TonB, C-terminal  51.28 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  38.46 
 
 		 269 aa  82  0.000000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0165  TonB family protein  48.68 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5356  TonB family protein  43.69 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.772268  normal  0.884832 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5308  TonB family protein  43.69 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5217  TonB family protein  43.69 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315671 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  41.24 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  41.24 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  33.05 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  41.24 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  40.66 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1517  TonB-like  32.65 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1269  TonB protein  36.89 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.111983  normal  0.123169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2307  TonB like protein  36.89 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.242598  normal  0.294418 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  38.95 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1047  putative TonB-dependent colicin receptor protein  38.3 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.710809  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  24.51 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1133  TonB family protein  46.36 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3545  putative energy transducer TonB  25.1 
 
 		 269 aa  68.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2359  TonB-like  38.3 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0613  TonB family protein  37.07 
 
 		 495 aa  68.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00466387 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  38.64 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7000  hypothetical protein  33.98 
 
 		 154 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695854 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2937  TonB family protein  41.76 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2230  energy transducer  37.78 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2391  TonB family protein  37.36 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.533007 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  32.06 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0689  TonB protein  32 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0675786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2512  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  33.33 
 
 		 411 aa  59.3  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.929963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  32.38 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1845  TonB family protein  37.35 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3695  TonB family protein  29.71 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1544  TonB-like  26.07 
 
 		 248 aa  57  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  34.58 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3402  hypothetical protein  29.55 
 
 		 431 aa  57  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.904792 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4086  TonB family protein  29.41 
 
 		 295 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0148952  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2101  TonB family protein  32.61 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.483665  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3748  TonB family protein  37.63 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4275  TonB family protein  40.91 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101728 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0737  TonB family protein  37.8 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1850  putative tonB protein  28.3 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.473086  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2822  TonB-like  34.44 
 
 		 114 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.628558  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  31.71 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  33.7 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  33.33 
 
 		 324 aa  53.1  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2153  TonB-like  33.57 
 
 		 276 aa  52  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.897555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2306  TonB-like protein  32.14 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0143972 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0902  TonB family protein  38.27 
 
 		 164 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.377774  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2144  TonB family protein  38.55 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0898  TonB family protein  38.27 
 
 		 202 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0922  putative TonB protein  28.7 
 
 		 294 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.702209  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5125  TonB family protein  33.98 
 
 		 263 aa  49.3  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0451  TonB family protein  32.53 
 
 		 242 aa  48.5  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103845  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2581  TonB family protein  28.7 
 
 		 294 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.632604  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1242  protein TonB  29.76 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.510655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3091  TonB family protein  29.38 
 
 		 294 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.370908 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0443  TonB family protein  30.99 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6188  TonB family protein  28 
 
 		 804 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1614  TonB protein  28.72 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1616  TonB family protein  34.07 
 
 		 378 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.37756  hitchhiker  0.00492157 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3417  TonB protein  35.09 
 
 		 178 aa  47  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1898  TonB family protein  34.07 
 
 		 366 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0510  TonB family protein  32.58 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1027  TonB, C-terminal  28.42 
 
 		 235 aa  45.8  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0567  TonB family protein  30.93 
 
 		 182 aa  45.8  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.584619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0644  TonB-like  32.14 
 
 		 233 aa  45.8  0.0008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1064  TonB family protein  36.26 
 
 		 180 aa  45.4  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.381212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2389  TonB-dependent receptor, putative  35.37 
 
 		 245 aa  45.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0852  TonB family protein  31.07 
 
 		 167 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.802184  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1537  TonB family protein  31.33 
 
 		 261 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0864  TonB family protein  33.98 
 
 		 142 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1620  TonB family protein  34.07 
 
 		 394 aa  44.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.381372 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>