92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3965 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3965  TonB family protein  100 
 
 		 264 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3331  TonB-like  83.33 
 
 		 264 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.616701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2092  TonB-like protein  81.06 
 
 		 264 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.014367 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1517  TonB-like  64.96 
 
 		 264 aa  301  7.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2307  TonB like protein  64.68 
 
 		 263 aa  285  7e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.242598  normal  0.294418 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1269  TonB protein  64.68 
 
 		 263 aa  285  7e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.111983  normal  0.123169 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1133  TonB family protein  50.2 
 
 		 270 aa  206  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3545  putative energy transducer TonB  44.66 
 
 		 269 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  45.88 
 
 		 263 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0749  TonB-like  33.33 
 
 		 269 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0705  TonB protein  32.05 
 
 		 267 aa  89  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2038  TonB like protein  32.05 
 
 		 267 aa  89  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.970768  normal  0.85242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7000  hypothetical protein  42.22 
 
 		 154 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695854 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  30.22 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1657  TonB-like protein  26.74 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  35.71 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1047  putative TonB-dependent colicin receptor protein  24.26 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.710809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  28.03 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  43.96 
 
 		 317 aa  75.5  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  42.05 
 
 		 269 aa  73.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  36.96 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1982  TonB-like  38.37 
 
 		 266 aa  72  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  39.39 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5356  TonB family protein  37.76 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.772268  normal  0.884832 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  27.3 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  28.67 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5308  TonB family protein  37.04 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5217  TonB family protein  37.04 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315671 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0824  TonB family protein  37.36 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0481121 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  25 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5557  TonB-like  32.14 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4082  TonB family protein  37.11 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3890  TonB domain-containing protein  37.11 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.544733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0134  TonB domain-containing protein  37.11 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0116  TonB family C-terminal domain protein  25.1 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0165  TonB family protein  40 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0067  tonB protein  38.75 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  30.37 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0203  TonB, C-terminal  38.75 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  30.2 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  37.36 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  26.92 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  36.36 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  27.62 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2230  energy transducer  32.61 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  34.83 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  31.52 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2937  TonB family protein  37.66 
 
 		 411 aa  58.9  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2053  TonB like protein  30.11 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4086  TonB family protein  35.87 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0148952  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  30.28 
 
 		 324 aa  55.5  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2359  TonB-like  35.96 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2306  TonB-like protein  27.52 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0143972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3468  TonB family protein  28.44 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10610  TonB protein  41.18 
 
 		 280 aa  53.1  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.94051  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  34.86 
 
 		 289 aa  52.4  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  25.58 
 
 		 336 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  35 
 
 		 308 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3668  TonB family protein  32.32 
 
 		 244 aa  49.7  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1845  TonB family protein  35.23 
 
 		 268 aa  49.7  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4275  TonB family protein  33.71 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101728 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2528  TonB family protein  28.89 
 
 		 393 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.962714 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0727  protein TolA  31.11 
 
 		 342 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00429068  normal  0.0892562 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0401  TonB family protein  29.5 
 
 		 274 aa  48.1  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.236004  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5125  TonB family protein  34.41 
 
 		 263 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2101  TonB family protein  26.85 
 
 		 171 aa  47.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.483665  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1614  TonB protein  26.87 
 
 		 283 aa  47  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3748  TonB family protein  30.68 
 
 		 88 aa  47  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0683  protein TolA  30.37 
 
 		 342 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.730086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  31.53 
 
 		 235 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2159  TonB family protein  23.81 
 
 		 277 aa  46.6  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2391  TonB family protein  31.94 
 
 		 237 aa  47  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.533007 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3266  TonB family protein  25.87 
 
 		 451 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0913504 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4696  TonB family protein  40 
 
 		 236 aa  46.2  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0510  TonB family protein  28.89 
 
 		 250 aa  45.8  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1440  TonB family protein  32.39 
 
 		 235 aa  45.4  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0443  TonB family protein  32.91 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3539  TonB-like  26.32 
 
 		 251 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.08035e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  30.38 
 
 		 235 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0613  TonB family protein  28.77 
 
 		 495 aa  44.3  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00466387 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0026  TonB-dependent receptor, putative  28.71 
 
 		 226 aa  43.5  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.429014  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0922  putative TonB protein  28.57 
 
 		 294 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.702209  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2581  TonB family protein  28.57 
 
 		 294 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.632604  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2512  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  28.57 
 
 		 411 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.929963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1537  TonB family protein  34.18 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1228  TolA protein, putative  41.67 
 
 		 467 aa  42.7  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.382434  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1368  TonB family protein  27.37 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4651  TonB family protein  36.36 
 
 		 289 aa  42.4  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.340402 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3636  hypothetical protein  25.6 
 
 		 294 aa  42.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1467  TonB family protein  27.96 
 
 		 265 aa  42.4  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.132532  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2994  TonB family protein  30.4 
 
 		 294 aa  42.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.7532  normal  0.152882 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3695  TonB family protein  25 
 
 		 282 aa  42  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>