93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2512 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2512  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  100 
 
 		 411 aa  825    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.929963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3402  hypothetical protein  33.82 
 
 		 431 aa  182  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.904792 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  29.67 
 
 		 268 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  31.36 
 
 		 268 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  33.65 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  35.11 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0572  putative lipoprotein transmembrane  29.73 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  33.33 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  33.33 
 
 		 265 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1552  putative lipoprotein transmembrane  26.85 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000152718  hitchhiker  0.00625373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  32.58 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  30.77 
 
 		 305 aa  56.2  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0068  putative lipoprotein transmembrane  26 
 
 		 196 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  32.29 
 
 		 248 aa  54.3  0.000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  28.78 
 
 		 292 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2542  putative lipoprotein transmembrane  29.33 
 
 		 216 aa  54.3  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  31.82 
 
 		 308 aa  53.5  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  34.62 
 
 		 269 aa  52.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4459  putative lipoprotein transmembrane  24.5 
 
 		 192 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0522  hypothetical protein  29.53 
 
 		 205 aa  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.100924  normal  0.121358 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1487  TonB family protein  32.22 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.39629 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0559  TonB family protein  25.64 
 
 		 220 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.334223 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1155  hypothetical protein  26.03 
 
 		 186 aa  52.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  28.72 
 
 		 285 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7000  hypothetical protein  34.44 
 
 		 154 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  31.46 
 
 		 286 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  28.83 
 
 		 219 aa  51.6  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0580  hypothetical protein  27.03 
 
 		 226 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  30.77 
 
 		 292 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1982  TonB-like  34.33 
 
 		 266 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0441  putative lipoprotein transmembrane  26.35 
 
 		 199 aa  50.4  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414449 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  29.55 
 
 		 292 aa  50.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1657  TonB-like protein  33.33 
 
 		 279 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  31.18 
 
 		 273 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4086  TonB family protein  30 
 
 		 295 aa  49.7  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0148952  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3545  putative energy transducer TonB  35.53 
 
 		 269 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2822  TonB-like  32.18 
 
 		 114 aa  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.628558  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  30.23 
 
 		 324 aa  47.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0365  putative lipoprotein transmembrane  27.03 
 
 		 200 aa  47.8  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0355  putative lipoprotein transmembrane  27.03 
 
 		 200 aa  47.8  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  26.9 
 
 		 235 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1027  TonB, C-terminal  26.37 
 
 		 235 aa  47.4  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  31.17 
 
 		 289 aa  47  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2339  hypothetical protein  23.13 
 
 		 183 aa  47  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.844973 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2306  TonB-like protein  30.21 
 
 		 246 aa  47  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0143972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4082  TonB family protein  31.65 
 
 		 267 aa  47  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3890  TonB domain-containing protein  31.65 
 
 		 267 aa  47  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.544733 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1242  protein TonB  29.67 
 
 		 283 aa  47  0.0007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.510655  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0824  TonB family protein  29.49 
 
 		 291 aa  46.6  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0481121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2541  periplasmic protein TonB  35.9 
 
 		 272 aa  46.6  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.70786e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0134  TonB domain-containing protein  31.65 
 
 		 267 aa  46.6  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2576  TonB-like protein  32.22 
 
 		 294 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0854385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0183  TonB family protein  29.67 
 
 		 251 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.144886  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2909  TonB family protein  29.32 
 
 		 292 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3748  TonB family protein  32.31 
 
 		 88 aa  45.8  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4496  TonB, C-terminal  31.58 
 
 		 237 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  36.36 
 
 		 467 aa  46.2  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08431  hypothetical protein  22.45 
 
 		 174 aa  45.4  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0575  TonB family protein  35.53 
 
 		 270 aa  45.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0624  hypothetical protein  30.77 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3655  putative lipoprotein transmembrane  25.49 
 
 		 195 aa  45.8  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.753374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2053  TonB like protein  29.21 
 
 		 256 aa  45.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5557  TonB-like  29.47 
 
 		 248 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0931  hypothetical protein  22.07 
 
 		 191 aa  45.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1198  Chalcone isomerase  28 
 
 		 194 aa  45.1  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.173915  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4994  TonB family protein  29.87 
 
 		 301 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.416898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0785  tonB protein, putative  29.09 
 
 		 230 aa  44.7  0.003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6521  TonB family protein  27.91 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.829855  normal  0.244151 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0588  TonB-like  30.77 
 
 		 323 aa  44.7  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  45.1 
 
 		 131 aa  44.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  29.49 
 
 		 239 aa  44.7  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  42.86 
 
 		 204 aa  44.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0470  TonB family protein  25.81 
 
 		 300 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1467  TonB family protein  28.43 
 
 		 265 aa  44.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.132532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3765  TonB family protein  27.5 
 
 		 288 aa  44.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0737  TonB family protein  31.11 
 
 		 251 aa  45.1  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2922  TonB family protein  39.66 
 
 		 458 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.947626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3111  TonB, C-terminal  34.18 
 
 		 174 aa  44.3  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0705  TonB protein  34.38 
 
 		 267 aa  44.3  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2038  TonB like protein  34.38 
 
 		 267 aa  44.3  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.970768  normal  0.85242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4868  TonB family protein  27.98 
 
 		 301 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0170221 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2818  putative lipoprotein transmembrane  26.17 
 
 		 194 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.450719 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3091  TonB family protein  25.29 
 
 		 294 aa  43.9  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.370908 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2412  putative lipoprotein transmembrane  28.39 
 
 		 216 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1470  TonB family protein  29.07 
 
 		 279 aa  43.9  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3965  TonB family protein  27.96 
 
 		 264 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2405  TonB family protein  25.83 
 
 		 310 aa  43.5  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1146  TonB family protein  28.57 
 
 		 279 aa  43.1  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.167411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  26.14 
 
 		 336 aa  43.1  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2072  putative lipoprotein transmembrane  23.45 
 
 		 187 aa  43.1  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.510046  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  27.96 
 
 		 317 aa  43.1  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2159  TonB family protein  22.47 
 
 		 277 aa  43.1  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  27.63 
 
 		 263 aa  42.7  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>