61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3402 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3402  hypothetical protein  100 
 
 
431 aa  872    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.904792 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2512  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  32.68 
 
 
411 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.929963  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  26.73 
 
 
268 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1384  hypothetical protein  30.07 
 
 
212 aa  62  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.196429  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  27.37 
 
 
289 aa  60.1  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  31.73 
 
 
268 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  27.01 
 
 
268 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  26.03 
 
 
292 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2542  putative lipoprotein transmembrane  27.74 
 
 
216 aa  57  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0522  hypothetical protein  26.85 
 
 
205 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.100924  normal  0.121358 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  28.78 
 
 
239 aa  56.2  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2412  putative lipoprotein transmembrane  26.85 
 
 
216 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49013  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1027  TonB, C-terminal  28.57 
 
 
235 aa  55.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  28.37 
 
 
292 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1552  putative lipoprotein transmembrane  27.33 
 
 
191 aa  53.9  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000152718  hitchhiker  0.00625373 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2818  putative lipoprotein transmembrane  26.8 
 
 
194 aa  53.5  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.450719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1840  hypothetical protein  31.25 
 
 
210 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.227725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1925  hypothetical protein  31.76 
 
 
210 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  30 
 
 
250 aa  53.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08431  hypothetical protein  21.33 
 
 
174 aa  52.8  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  29.13 
 
 
324 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  26.23 
 
 
235 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  26.67 
 
 
290 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2072  putative lipoprotein transmembrane  25.85 
 
 
187 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.510046  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1319  hypothetical protein  25.17 
 
 
186 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.30911  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1299  hypothetical protein  25.32 
 
 
186 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0971486  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  26.58 
 
 
273 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0580  hypothetical protein  26.42 
 
 
226 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0456  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  51.2  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1249  hypothetical protein  25.17 
 
 
186 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.619174  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0931  hypothetical protein  22.44 
 
 
191 aa  50.4  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2038  hypothetical protein  38.18 
 
 
231 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.245025  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  27.19 
 
 
248 aa  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  25.58 
 
 
336 aa  49.7  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  24.4 
 
 
286 aa  49.7  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  23.77 
 
 
285 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2632  hypothetical protein  25.83 
 
 
186 aa  48.5  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  28.74 
 
 
265 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0134  hypothetical protein  42.59 
 
 
203 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0354  hypothetical protein  27.2 
 
 
196 aa  48.9  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0538989  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1393  hypothetical protein  25.64 
 
 
186 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.811496  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3128  hypothetical protein  25.64 
 
 
186 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.413512  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  29.79 
 
 
305 aa  48.5  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2320  hypothetical protein  40 
 
 
188 aa  47.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.357396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0451  TonB family protein  27.66 
 
 
242 aa  47.4  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  37.1 
 
 
263 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2970  hypothetical protein  25.64 
 
 
186 aa  47  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.704952  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2984  hypothetical protein  25 
 
 
186 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.560125  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  25.27 
 
 
251 aa  45.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3275  hypothetical protein  24.5 
 
 
186 aa  46.2  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0591  hypothetical protein  20.83 
 
 
187 aa  46.2  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0309027  hitchhiker  0.0001229 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  38.36 
 
 
219 aa  46.6  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1573  hypothetical protein  22.15 
 
 
189 aa  46.2  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36812  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  25.43 
 
 
292 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1155  hypothetical protein  22.08 
 
 
186 aa  45.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1281  hypothetical protein  34.29 
 
 
195 aa  44.3  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1327  hypothetical protein  23.33 
 
 
191 aa  44.3  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.829375  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3608  putative lipoprotein transmembrane  23.84 
 
 
194 aa  43.5  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0355  putative lipoprotein transmembrane  27.88 
 
 
200 aa  43.5  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0365  putative lipoprotein transmembrane  27.88 
 
 
200 aa  43.5  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  22.58 
 
 
269 aa  43.1  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.488187 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>