53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2542 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2542  putative lipoprotein transmembrane  100 
 
 		 216 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2412  putative lipoprotein transmembrane  72.69 
 
 		 216 aa  323  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2818  putative lipoprotein transmembrane  77.6 
 
 		 194 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.450719 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0522  hypothetical protein  63.22 
 
 		 205 aa  228  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.100924  normal  0.121358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0580  hypothetical protein  51.61 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0068  putative lipoprotein transmembrane  37.44 
 
 		 196 aa  141  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1552  putative lipoprotein transmembrane  36.99 
 
 		 191 aa  122  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000152718  hitchhiker  0.00625373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0572  putative lipoprotein transmembrane  33.7 
 
 		 200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1178  putative lipoprotein transmembrane  36.75 
 
 		 185 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.740689 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4459  putative lipoprotein transmembrane  32.45 
 
 		 192 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3608  putative lipoprotein transmembrane  32.74 
 
 		 194 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0355  putative lipoprotein transmembrane  35.33 
 
 		 200 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0365  putative lipoprotein transmembrane  35.33 
 
 		 200 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0441  putative lipoprotein transmembrane  36.69 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414449 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3655  putative lipoprotein transmembrane  30.59 
 
 		 195 aa  99  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.753374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0748  putative lipoprotein transmembrane  31.93 
 
 		 198 aa  92.8  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1198  Chalcone isomerase  35.48 
 
 		 194 aa  92  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.173915  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2072  putative lipoprotein transmembrane  32.8 
 
 		 187 aa  89.4  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.510046  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1384  hypothetical protein  36.31 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.196429  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1260  putative lipoprotein transmembrane  33.73 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1191  putative lipoprotein transmembrane  33.73 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.240649  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0354  hypothetical protein  29.73 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0538989  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1131  putative lipoprotein transmembrane  32.34 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0134  hypothetical protein  33.73 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1327  hypothetical protein  32.94 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.829375  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1573  hypothetical protein  30.1 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36812  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2320  hypothetical protein  32.54 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.357396  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2531  Chalcone isomerase, subgroup  27.91 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.598454  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08431  hypothetical protein  27.01 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0931  hypothetical protein  25.52 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2970  hypothetical protein  31.46 
 
 		 186 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.704952  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2984  hypothetical protein  31.64 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.560125  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3128  hypothetical protein  30.51 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.413512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1393  hypothetical protein  30.51 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.811496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1319  hypothetical protein  28.49 
 
 		 186 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.30911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0591  hypothetical protein  25 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0309027  hitchhiker  0.0001229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2632  hypothetical protein  29.82 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1249  hypothetical protein  28.49 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.619174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3109  hypothetical protein  31.11 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1299  hypothetical protein  28.49 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0971486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0456  hypothetical protein  27.81 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3275  hypothetical protein  27.68 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1281  hypothetical protein  27.49 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1596  hypothetical protein  28.98 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3402  hypothetical protein  27.74 
 
 		 431 aa  56.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.904792 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1155  hypothetical protein  27.18 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2512  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  29.33 
 
 		 411 aa  54.7  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.929963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2038  hypothetical protein  36.04 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.245025  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1315  hypothetical protein  25.13 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1840  hypothetical protein  34.82 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.227725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1925  hypothetical protein  35.14 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2339  hypothetical protein  26.82 
 
 		 183 aa  44.7  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.844973 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1227  hypothetical protein  26.22 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>