130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2359 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2359  TonB-like  100 
 
 		 278 aa  543  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  63.51 
 
 		 285 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  50.68 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  48.12 
 
 		 292 aa  221  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  50.17 
 
 		 290 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  53.71 
 
 		 286 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0749  TonB-like  33.95 
 
 		 269 aa  113  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0705  TonB protein  34.46 
 
 		 267 aa  112  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2038  TonB like protein  34.46 
 
 		 267 aa  112  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.970768  normal  0.85242 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1657  TonB-like protein  33.57 
 
 		 279 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  44.17 
 
 		 250 aa  91.3  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2053  TonB like protein  42.39 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0134  TonB domain-containing protein  26.74 
 
 		 267 aa  80.1  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3890  TonB domain-containing protein  26.74 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.544733 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4082  TonB family protein  26.74 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0824  TonB family protein  50.56 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0481121 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  30.04 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1982  TonB-like  46.59 
 
 		 266 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  38.3 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  35.09 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3695  TonB family protein  30.8 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  33.88 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  35.09 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0116  TonB family C-terminal domain protein  25.28 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  28.51 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  34.04 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  25.36 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  40.66 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3331  TonB-like  26.1 
 
 		 264 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.616701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2092  TonB-like protein  26.64 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.014367 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  28.09 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5356  TonB family protein  37.01 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.772268  normal  0.884832 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2101  TonB family protein  40.91 
 
 		 171 aa  68.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.483665  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5308  TonB family protein  38.78 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5217  TonB family protein  38.78 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315671 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10610  TonB protein  45.07 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.94051  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0203  TonB, C-terminal  38.71 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0067  tonB protein  38.04 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1027  TonB, C-terminal  37.89 
 
 		 235 aa  65.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  37.36 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3965  TonB family protein  33.33 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0613  TonB family protein  38.71 
 
 		 495 aa  65.1  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00466387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5557  TonB-like  38.3 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0165  TonB family protein  37.89 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  28.12 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  25.66 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4086  TonB family protein  31.15 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0148952  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2230  energy transducer  31.09 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3167  protein TolA  43.59 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1269  TonB protein  27.92 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.111983  normal  0.123169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2307  TonB like protein  27.92 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.242598  normal  0.294418 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1845  TonB family protein  37.93 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3545  putative energy transducer TonB  23.37 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1517  TonB-like  28.46 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  28.7 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2937  TonB family protein  34.41 
 
 		 411 aa  59.3  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4275  TonB family protein  29.27 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101728 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  38.96 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7000  hypothetical protein  37.63 
 
 		 154 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695854 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1047  putative TonB-dependent colicin receptor protein  30 
 
 		 279 aa  57  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.710809  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3468  TonB family protein  34.44 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  34.31 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  26.94 
 
 		 235 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5125  TonB family protein  41.84 
 
 		 263 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2159  TonB family protein  24.91 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0183  TonB family protein  30.25 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.144886  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2144  TonB family protein  34.4 
 
 		 296 aa  53.1  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1620  TonB family protein  36.96 
 
 		 394 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.381372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1487  TonB family protein  31.11 
 
 		 386 aa  52.8  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.39629 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0737  TonB family protein  35.56 
 
 		 251 aa  52.4  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2301  TonB family protein  35.82 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1944  TonB family protein  35.82 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2275  TonB family protein  34.78 
 
 		 242 aa  52  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.120847  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1922  TonB family protein  34.78 
 
 		 208 aa  52  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  31.72 
 
 		 219 aa  51.6  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2389  TonB-dependent receptor, putative  33.33 
 
 		 245 aa  51.2  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0689  TonB protein  26.67 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0675786  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  27.44 
 
 		 305 aa  50.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  32.26 
 
 		 308 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1133  TonB family protein  28.37 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2306  TonB-like protein  29.7 
 
 		 246 aa  49.3  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0143972 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3051  TonB-like  34.21 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1898  TonB family protein  34.78 
 
 		 366 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1616  TonB family protein  34.78 
 
 		 378 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.37756  hitchhiker  0.00492157 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0922  putative TonB protein  34.18 
 
 		 294 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.702209  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1624  TonB-like  29.47 
 
 		 285 aa  47.4  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0946322  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2994  TonB family protein  36.76 
 
 		 294 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.7532  normal  0.152882 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2581  TonB family protein  34.18 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.632604  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2268  TonB family protein  33.7 
 
 		 237 aa  46.2  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.461611  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0708  TonB family protein  28.41 
 
 		 256 aa  46.2  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1915  TonB family protein  33.7 
 
 		 237 aa  46.2  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0522  TonB domain-containing protein  40 
 
 		 248 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.507667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0720  TonB, C-terminal  34.78 
 
 		 216 aa  45.4  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.274821 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2295  TonB-like  42.86 
 
 		 507 aa  45.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2512  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  26.37 
 
 		 411 aa  45.4  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.929963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0798  TonB domain-containing protein  40 
 
 		 246 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1090  TonB domain-containing protein  40 
 
 		 246 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0619  TonB domain-containing protein  40 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938993  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2062  TonB domain-containing protein  40 
 
 		 246 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1184  TonB family protein  37.18 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>