135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0417 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0417  comF operon protein 1, putative  100 
 
 		 387 aa  802    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0774  helicase domain-containing protein  62.12 
 
 		 360 aa  465  9.999999999999999e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.327507  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0791  helicase domain-containing protein  62.12 
 
 		 360 aa  465  9.999999999999999e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0788341  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3041  helicase domain protein  38.64 
 
 		 499 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0601765  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4872  comF operon protein 1  35.7 
 
 		 449 aa  252  7e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3730  helicase domain-containing protein  36.25 
 
 		 449 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000982518  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4987  helicase domain-containing protein  35.26 
 
 		 450 aa  251  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5282  comF operon protein 1  35.7 
 
 		 449 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000003862 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5042  comF operon protein 1  35.44 
 
 		 451 aa  249  6e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5426  ComF operon protein 1  35.44 
 
 		 449 aa  249  6e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.101585  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5300  comF operon protein 1  34.76 
 
 		 449 aa  249  8e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4887  comF operon protein 1  35.19 
 
 		 451 aa  248  9e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3238  helicase domain protein  35.03 
 
 		 463 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5358  comF operon protein 1  34.26 
 
 		 449 aa  243  5e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5312  comF operon protein 1  35.86 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0355332  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5645  comF operon protein 1  36.21 
 
 		 374 aa  224  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0073075  hitchhiker  0.000000000065503 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0247  superfamily II DNA/RNA helicase  37.33 
 
 		 426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0362  helicase domain-containing protein  36.9 
 
 		 443 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0336  helicase, putative  34.91 
 
 		 429 aa  199  6e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1334  superfamily II DNA/RNA helicase  35.54 
 
 		 425 aa  199  6e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000453066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0406  superfamily II DNA/RNA helicase  34.57 
 
 		 439 aa  191  1e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.329953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4755  helicase domain protein  31.22 
 
 		 623 aa  185  9e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000089196  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0224  DEAD/DEAH box helicase-like  28.95 
 
 		 453 aa  177  4e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0854119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2259  helicase domain protein  28.91 
 
 		 716 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642106  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  23.91 
 
 		 445 aa  59.3  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  22.34 
 
 		 1178 aa  56.2  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0469  transcription-repair coupling factor  23.03 
 
 		 986 aa  54.3  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  23.26 
 
 		 1160 aa  53.5  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0737  transcription-repair coupling factor  24.1 
 
 		 985 aa  53.1  0.000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00351961  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0389  RecG-like helicase  24.84 
 
 		 636 aa  53.1  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  22.79 
 
 		 1157 aa  53.1  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2597  primosomal protein N'(replication factor Y)( helicase)  22.35 
 
 		 815 aa  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.510107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2052  primosomal protein N'  25.75 
 
 		 828 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  22.71 
 
 		 1157 aa  50.8  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  22.47 
 
 		 1164 aa  50.8  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  22.47 
 
 		 1160 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  22.47 
 
 		 1160 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1173  replication restart DNA helicase PriA  34.78 
 
 		 809 aa  50.4  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0062  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.88 
 
 		 679 aa  49.7  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.631943  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  23.01 
 
 		 1155 aa  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  22.75 
 
 		 1160 aa  49.7  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  20.94 
 
 		 1158 aa  49.7  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  22.99 
 
 		 1158 aa  49.3  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3911  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3719  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3609  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3627  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3882  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000345063 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  20.99 
 
 		 1167 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4006  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  22.96 
 
 		 1179 aa  48.5  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  22.1 
 
 		 1160 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  20.99 
 
 		 1167 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  23.75 
 
 		 1271 aa  48.9  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0714  transcription-repair coupling factor  22.73 
 
 		 981 aa  48.9  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.721642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3916  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000142044  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1633  ATP-dependent RNA helicase DbpA  23.17 
 
 		 460 aa  48.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3691  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1503  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.04 
 
 		 937 aa  48.5  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220995  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  22.92 
 
 		 1153 aa  47.8  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  20.92 
 
 		 574 aa  47.8  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3967  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.841786  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  22.92 
 
 		 1153 aa  47.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  19.42 
 
 		 593 aa  47.4  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2350  ATP-dependent RNA helicase DbpA  22.87 
 
 		 460 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0078  transcription-repair coupling factor  23.99 
 
 		 981 aa  47.4  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  22.13 
 
 		 1157 aa  47.4  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1430  primosomal protein N'  36.11 
 
 		 764 aa  47.4  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0145325  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2446  ATP-dependent RNA helicase DbpA  22.87 
 
 		 460 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  20.65 
 
 		 1158 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2810  primosomal protein N'  32.18 
 
 		 758 aa  47.4  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0690  ATP-dependent DNA helicase RecG  36.62 
 
 		 675 aa  47.4  0.0005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.100284  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  22.74 
 
 		 1162 aa  47  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2520  primosome assembly protein PriA  31.03 
 
 		 801 aa  47.4  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0370343  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0159  primosome assembly protein PriA  34.74 
 
 		 753 aa  46.6  0.0007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1061  primosome assembly protein PriA  29 
 
 		 804 aa  46.6  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.964371  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0031  transcription-repair coupling factor  22.39 
 
 		 1195 aa  46.6  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0039  transcription-repair coupling factor  22.39 
 
 		 1193 aa  46.2  0.0009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  22.74 
 
 		 1162 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0567  primosome assembly protein PriA  24.46 
 
 		 836 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.973651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  21.19 
 
 		 1167 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  22.74 
 
 		 1162 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1253  ATP-dependent helicase  26.15 
 
 		 941 aa  45.8  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  29.52 
 
 		 873 aa  45.8  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1276  primosome assembly protein PriA  29.89 
 
 		 801 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  22.74 
 
 		 1162 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0959  primosomal protein N'  26.79 
 
 		 790 aa  46.2  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  24.77 
 
 		 821 aa  45.8  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  22.74 
 
 		 1165 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  22.75 
 
 		 1155 aa  46.2  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  22.22 
 
 		 1157 aa  46.2  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1727  replication restart DNA helicase PriA  29.21 
 
 		 789 aa  45.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0672  primosomal protein N'  21.93 
 
 		 835 aa  44.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00593856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  23.4 
 
 		 1149 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2007  primosomal protein N'  29.21 
 
 		 793 aa  45.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00478973 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  22.88 
 
 		 1173 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1693  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.41 
 
 		 928 aa  45.1  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000881072 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  20.63 
 
 		 432 aa  45.1  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0218  primosome assembly protein PriA  23.81 
 
 		 734 aa  44.7  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0034  ATP-dependent DNA helicase RecG  24.4 
 
 		 773 aa  44.3  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0189216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>