More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1334 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1334  superfamily II DNA/RNA helicase  100 
 
 		 425 aa  884    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000453066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0247  superfamily II DNA/RNA helicase  42.57 
 
 		 426 aa  305  9.000000000000001e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0362  helicase domain-containing protein  39.59 
 
 		 443 aa  297  2e-79  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4987  helicase domain-containing protein  37.63 
 
 		 450 aa  291  2e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5358  comF operon protein 1  38.42 
 
 		 449 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5300  comF operon protein 1  37.91 
 
 		 449 aa  278  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4887  comF operon protein 1  37.84 
 
 		 451 aa  276  5e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4872  comF operon protein 1  37.59 
 
 		 449 aa  276  6e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5282  comF operon protein 1  36.88 
 
 		 449 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000003862 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0336  helicase, putative  37.5 
 
 		 429 aa  270  2.9999999999999997e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5426  ComF operon protein 1  36.63 
 
 		 449 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.101585  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5042  comF operon protein 1  36.63 
 
 		 451 aa  270  4e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3730  helicase domain-containing protein  37.22 
 
 		 449 aa  270  5e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000982518  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5312  comF operon protein 1  38.48 
 
 		 374 aa  256  4e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0355332  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0406  superfamily II DNA/RNA helicase  38 
 
 		 439 aa  256  5e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.329953  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5645  comF operon protein 1  38.21 
 
 		 374 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0073075  hitchhiker  0.000000000065503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3238  helicase domain protein  36.04 
 
 		 463 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3041  helicase domain protein  36.32 
 
 		 499 aa  240  4e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0601765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4755  helicase domain protein  29.37 
 
 		 623 aa  203  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000089196  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0774  helicase domain-containing protein  37.76 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.327507  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0791  helicase domain-containing protein  37.76 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0788341  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0417  comF operon protein 1, putative  35.54 
 
 		 387 aa  199  7e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0224  DEAD/DEAH box helicase-like  30.84 
 
 		 453 aa  187  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0854119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2259  helicase domain protein  30.2 
 
 		 716 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2503  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.08 
 
 		 700 aa  73.2  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.623003  normal  0.0718914 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1332  primosomal protein N'  21.54 
 
 		 749 aa  70.5  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000143785  normal  0.287743 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0218  primosome assembly protein PriA  26.56 
 
 		 734 aa  67.4  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  25.97 
 
 		 1167 aa  67  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0259  primosomal protein N'  22.33 
 
 		 769 aa  66.2  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1039  transcription-repair coupling factor  21.33 
 
 		 979 aa  66.2  0.0000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.113966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3545  ATP-dependent DNA helicase RecG  24.85 
 
 		 688 aa  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.020177  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2401  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.27 
 
 		 706 aa  66.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1103  transcription-repair coupling factor  22.03 
 
 		 978 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1228  transcription-repair coupling factor  22.03 
 
 		 978 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1173  primosomal protein N'  23.18 
 
 		 715 aa  64.7  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0638  transcription-repair coupling factor  22.03 
 
 		 978 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  25.32 
 
 		 1167 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  21.83 
 
 		 1194 aa  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1233  primosomal protein N  24.03 
 
 		 802 aa  63.5  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0109325  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0690  ATP-dependent DNA helicase RecG  26.26 
 
 		 675 aa  63.2  0.000000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.100284  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_30585  predicted protein  23.94 
 
 		 942 aa  63.2  0.000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3377  primosomal protein N'  24.74 
 
 		 831 aa  62.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09151  transcriptional-repair coupling factor  22.89 
 
 		 1175 aa  62.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2393  primosome assembly protein PriA  24.46 
 
 		 733 aa  62.8  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0311  ATP-dependent DNA helicase RecG  24.24 
 
 		 695 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  21.84 
 
 		 1183 aa  62.4  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  22.88 
 
 		 1165 aa  61.6  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  23.4 
 
 		 1158 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0737  transcription-repair coupling factor  22.99 
 
 		 985 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00351961  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2072  ATP-dependent DNA helicase RecG  20.22 
 
 		 707 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000101062  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  23.01 
 
 		 1171 aa  61.6  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1613  transcription-repair coupling factor  24.22 
 
 		 989 aa  60.5  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0126  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.94 
 
 		 685 aa  60.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  22.26 
 
 		 1169 aa  60.5  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10301  transcriptional-repair coupling factor  22.29 
 
 		 1170 aa  60.5  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  24.58 
 
 		 1155 aa  60.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1741  ATP-dependent DNA helicase RecG  21.94 
 
 		 681 aa  60.5  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  21.86 
 
 		 1192 aa  60.5  0.00000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0328  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.42 
 
 		 706 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.171796  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0961  transcriptional-repair coupling factor  22.39 
 
 		 1174 aa  60.5  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.489301  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  23.1 
 
 		 1103 aa  60.1  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2781  replication restart DNA helicase PriA  26.11 
 
 		 719 aa  60.1  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  22.12 
 
 		 1192 aa  60.1  0.00000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  22.16 
 
 		 1164 aa  60.1  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  23.08 
 
 		 1158 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4062  primosomal protein N'  25.91 
 
 		 804 aa  60.1  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.172877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1263  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.46 
 
 		 798 aa  59.7  0.00000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00177655  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0824  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.15 
 
 		 673 aa  59.3  0.0000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3834  ATP-dependent DNA helicase RecG  22.82 
 
 		 805 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.492162  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1974  transcription factor CarD  23.17 
 
 		 988 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0348295 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3484  primosomal protein N'  22.12 
 
 		 815 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.52 
 
 		 893 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0160807  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  23.08 
 
 		 1195 aa  58.9  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0524  hypothetical protein  21.41 
 
 		 832 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.669922 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  22.48 
 
 		 1153 aa  58.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6575  primosomal protein N'  31.45 
 
 		 815 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3946  primosome assembly protein PriA  26.76 
 
 		 738 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  22.33 
 
 		 1073 aa  58.9  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0632  ATP-dependent DNA helicase RecG  25.22 
 
 		 602 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  24.17 
 
 		 1154 aa  58.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  23.26 
 
 		 1127 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  21.15 
 
 		 1193 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0033  replication restart DNA helicase PriA  24.87 
 
 		 666 aa  58.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.101123  normal  0.886692 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1079  ATP-dependent DNA helicase RecG  22.83 
 
 		 817 aa  58.2  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.568332  hitchhiker  0.00243484 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3657  primosome assembly protein PriA  26.76 
 
 		 738 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  21.45 
 
 		 1147 aa  57.8  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1344  transcription-repair coupling factor  24.32 
 
 		 893 aa  57.8  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000252576  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0840  primosome assembly protein PriA  25.7 
 
 		 729 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727054 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  22.59 
 
 		 1103 aa  57.4  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10301  transcriptional-repair coupling factor  22.29 
 
 		 1169 aa  57  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2338  ATP-dependent DNA helicase RecG  21.14 
 
 		 747 aa  57  0.0000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0761129 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0603  primosome assembly protein PriA  23.1 
 
 		 740 aa  57  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  22.68 
 
 		 1116 aa  57  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0167  primosomal protein N'  26.89 
 
 		 752 aa  57  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132621 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1951  primosome assembly protein PriA  24.35 
 
 		 801 aa  57  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1319  primosomal protein N'  21.88 
 
 		 805 aa  56.6  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.342383  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  19.81 
 
 		 1197 aa  57  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  21.7 
 
 		 1196 aa  56.6  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1408  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.66 
 
 		 974 aa  56.6  0.0000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  22.78 
 
 		 1168 aa  56.2  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>