More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CJE1228 on replicon NC_003912
Organism: Campylobacter jejuni RM1221



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003912  CJE1228  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 978 aa  1968    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1039  transcription-repair coupling factor  71.68 
 
 		 979 aa  1392    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.113966  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0078  transcription-repair coupling factor  60.29 
 
 		 981 aa  1174    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1566  transcription-repair coupling factor  49.9 
 
 		 990 aa  934    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1103  transcription-repair coupling factor  98.98 
 
 		 978 aa  1954    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0714  transcription-repair coupling factor  59.8 
 
 		 981 aa  1180    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.721642  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0638  transcription-repair coupling factor  98.36 
 
 		 978 aa  1939    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1613  transcription-repair coupling factor  52.83 
 
 		 989 aa  1011    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0737  transcription-repair coupling factor  57.83 
 
 		 985 aa  1130    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00351961  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0469  transcription-repair coupling factor  57.83 
 
 		 986 aa  1100    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  31.74 
 
 		 1103 aa  516  1.0000000000000001e-145  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  42.65 
 
 		 1143 aa  501  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.31 
 
 		 1158 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  38.42 
 
 		 1183 aa  495  9.999999999999999e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  40.82 
 
 		 1178 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  41.82 
 
 		 1164 aa  490  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  41.92 
 
 		 1162 aa  492  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  39.57 
 
 		 1155 aa  491  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  41.82 
 
 		 1160 aa  491  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1157 aa  491  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  34.4 
 
 		 1099 aa  486  1e-136  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  40.71 
 
 		 1148 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  41.03 
 
 		 1145 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  41.99 
 
 		 1160 aa  488  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  40.55 
 
 		 1148 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  41.65 
 
 		 1160 aa  488  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1157 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.61 
 
 		 1159 aa  483  1e-135  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  39.88 
 
 		 1153 aa  483  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0031  transcription-repair coupling factor  41.04 
 
 		 1195 aa  483  1e-135  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1160 aa  484  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0039  transcription-repair coupling factor  40.94 
 
 		 1193 aa  484  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  40.42 
 
 		 1149 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  41.89 
 
 		 1162 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  34.49 
 
 		 1103 aa  483  1e-135  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 		 1116 aa  483  1e-135  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  40.13 
 
 		 1154 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  41.89 
 
 		 1165 aa  482  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1203 aa  482  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1153 aa  482  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  40.4 
 
 		 1174 aa  483  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  38.17 
 
 		 1158 aa  481  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  41.89 
 
 		 1162 aa  482  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1179 aa  480  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  41.89 
 
 		 1162 aa  482  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  41.37 
 
 		 1157 aa  483  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  40.84 
 
 		 1207 aa  479  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  40.97 
 
 		 1271 aa  477  1e-133  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  31.26 
 
 		 1148 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  31.26 
 
 		 1148 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1149 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 		 1149 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  42.12 
 
 		 1141 aa  478  1e-133  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  31.26 
 
 		 1148 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  31.26 
 
 		 1148 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  41.18 
 
 		 1150 aa  478  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1157 aa  478  1e-133  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  39.8 
 
 		 1162 aa  478  1e-133  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  39.78 
 
 		 1153 aa  478  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1157 aa  477  1e-133  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1173 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 		 1149 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 		 1149 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 		 1115 aa  474  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  40.88 
 
 		 1154 aa  474  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  40.45 
 
 		 1165 aa  474  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1170 aa  473  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 		 1141 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281852 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  39.63 
 
 		 1162 aa  474  1e-132  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1157 aa  475  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 		 1150 aa  475  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.9 
 
 		 1177 aa  474  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1155 aa  475  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  39.56 
 
 		 1147 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  40.67 
 
 		 1150 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  41.64 
 
 		 1200 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  40.8 
 
 		 1190 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1178 aa  470  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  33.23 
 
 		 1121 aa  473  1.0000000000000001e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1164 aa  470  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  41.53 
 
 		 1167 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  31.68 
 
 		 1073 aa  472  1.0000000000000001e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1148 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.54 
 
 		 1157 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.87 
 
 		 1157 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 		 1122 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  40.67 
 
 		 1150 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1243 aa  469  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1147 aa  467  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1196 aa  466  9.999999999999999e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1164 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1148 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1148 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  34.6 
 
 		 1107 aa  466  9.999999999999999e-131  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1151 aa  468  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1243 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  40.75 
 
 		 1194 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  39.8 
 
 		 1163 aa  468  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1160 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1189 aa  468  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>