More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1566 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009802  CCC13826_0078  transcription-repair coupling factor  49.09 
 
 		 981 aa  966    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1228  transcription-repair coupling factor  49.9 
 
 		 978 aa  919    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1039  transcription-repair coupling factor  50.15 
 
 		 979 aa  930    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.113966  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0714  transcription-repair coupling factor  49.54 
 
 		 981 aa  974    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.721642  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1566  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 990 aa  1999    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0638  transcription-repair coupling factor  50 
 
 		 978 aa  920    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1103  transcription-repair coupling factor  50.1 
 
 		 978 aa  922    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1613  transcription-repair coupling factor  53.97 
 
 		 989 aa  1058    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0737  transcription-repair coupling factor  51.01 
 
 		 985 aa  986    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00351961  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0469  transcription-repair coupling factor  49.5 
 
 		 986 aa  929    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  30.46 
 
 		 1207 aa  508  9.999999999999999e-143  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  31.61 
 
 		 1150 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  41.51 
 
 		 1173 aa  501  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  40.23 
 
 		 1160 aa  498  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  39.9 
 
 		 1178 aa  499  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1157 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  40.23 
 
 		 1157 aa  492  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  41.11 
 
 		 1190 aa  487  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.68 
 
 		 1165 aa  488  1e-136  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1200 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  40.82 
 
 		 1162 aa  486  1e-136  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1157 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1157 aa  486  1e-136  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1157 aa  484  1e-135  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1168 aa  484  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  31.5 
 
 		 1149 aa  485  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  40.13 
 
 		 1179 aa  484  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1170 aa  484  1e-135  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  40.48 
 
 		 1162 aa  483  1e-135  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1155 aa  486  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  39.72 
 
 		 1196 aa  482  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1167 aa  482  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1178 aa  482  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  40.83 
 
 		 1203 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1177 aa  480  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1207 aa  478  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1149 aa  478  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  39.49 
 
 		 1196 aa  478  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1159 aa  477  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1647  transcription-repair coupling factor  40.75 
 
 		 1198 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0790633 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1116 aa  477  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  0.00000000346725 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1183 aa  479  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1160 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1160 aa  479  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1160 aa  479  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1164 aa  476  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1156 aa  476  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1157 aa  476  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1157 aa  473  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1158 aa  475  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  38.96 
 
 		 1162 aa  474  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  41.18 
 
 		 1170 aa  476  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1176 aa  475  1e-132  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1112 aa  471  1.0000000000000001e-131  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1176 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1176 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  41.64 
 
 		 1122 aa  472  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1176 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1178 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1176 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1157 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  40.19 
 
 		 1141 aa  472  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  38.92 
 
 		 1159 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1176 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  30.54 
 
 		 1103 aa  470  1.0000000000000001e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  40.5 
 
 		 1164 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  31.57 
 
 		 1153 aa  472  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  41.37 
 
 		 1194 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  39.49 
 
 		 1160 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1143 aa  470  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  41.64 
 
 		 1132 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  39.97 
 
 		 1176 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1162 aa  471  1.0000000000000001e-131  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1171 aa  471  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1155 aa  469  9.999999999999999e-131  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.93 
 
 		 1157 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1176 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  39.74 
 
 		 1177 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  39.73 
 
 		 1162 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1171 aa  469  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  39.9 
 
 		 1165 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1162 aa  469  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1176 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  40.03 
 
 		 1156 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  40.03 
 
 		 1156 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  39.9 
 
 		 1162 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1176 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1165 aa  469  9.999999999999999e-131  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1165 aa  467  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  40.03 
 
 		 1156 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1160 aa  465  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1147 aa  465  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1156 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1164 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1189 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1189 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  39.02 
 
 		 1160 aa  466  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1171 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1172 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1157 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>