More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1039 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003912  CJE1228  transcription-repair coupling factor  71.68 
 
 		 978 aa  1385    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1039  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 979 aa  1962    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.113966  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1613  transcription-repair coupling factor  52.77 
 
 		 989 aa  1001    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1566  transcription-repair coupling factor  50.15 
 
 		 990 aa  936    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0638  transcription-repair coupling factor  71.06 
 
 		 978 aa  1375    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0469  transcription-repair coupling factor  59.92 
 
 		 986 aa  1145    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0714  transcription-repair coupling factor  59.33 
 
 		 981 aa  1201    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.721642  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0737  transcription-repair coupling factor  59.65 
 
 		 985 aa  1151    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00351961  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0078  transcription-repair coupling factor  60.29 
 
 		 981 aa  1187    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1103  transcription-repair coupling factor  71.88 
 
 		 978 aa  1390    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  41.54 
 
 		 1160 aa  501  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  41.37 
 
 		 1160 aa  501  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  41.21 
 
 		 1164 aa  498  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  39.16 
 
 		 1158 aa  496  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  41.24 
 
 		 1162 aa  499  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  41.54 
 
 		 1160 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  40.23 
 
 		 1178 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  40.52 
 
 		 1207 aa  493  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.31 
 
 		 1158 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  40.06 
 
 		 1143 aa  496  9.999999999999999e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1196 aa  489  1e-137  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1150 aa  492  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  40.23 
 
 		 1157 aa  491  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  40.9 
 
 		 1165 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1165 aa  486  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  40.9 
 
 		 1162 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1183 aa  488  1e-136  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  40.87 
 
 		 1162 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  40.64 
 
 		 1160 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  40.47 
 
 		 1179 aa  487  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  41.26 
 
 		 1157 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  40.9 
 
 		 1162 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.71 
 
 		 1159 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  40.29 
 
 		 1155 aa  483  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1202 aa  485  1e-135  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1157 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1170 aa  483  1e-134  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  40.55 
 
 		 1157 aa  480  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1174 aa  481  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  39.72 
 
 		 1153 aa  481  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  40.19 
 
 		 1148 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1157 aa  480  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  40.37 
 
 		 1148 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1103 aa  477  1e-133  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1147 aa  477  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1149 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  34.2 
 
 		 1099 aa  476  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1156 aa  476  1e-133  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  39.71 
 
 		 1151 aa  477  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1160 aa  478  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1162 aa  476  1e-133  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  39.9 
 
 		 1157 aa  478  1e-133  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1150 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1149 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  39.93 
 
 		 1150 aa  473  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1149 aa  474  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1112 aa  474  1e-132  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1162 aa  476  1e-132  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1218 aa  476  1e-132  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  41.03 
 
 		 1145 aa  474  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2220  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1157 aa  473  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1165 aa  474  1e-132  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1177 aa  474  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  32.53 
 
 		 1109 aa  474  1e-132  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 		 1155 aa  476  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1159 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  38.96 
 
 		 1157 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  39.73 
 
 		 1147 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1148 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  42.37 
 
 		 1141 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1148 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1148 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  39.6 
 
 		 1150 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1115 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1229 aa  472  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  40.03 
 
 		 1271 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  40.34 
 
 		 1241 aa  473  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1148 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  40.94 
 
 		 1173 aa  471  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4468  transcription-repair coupling factor  40.34 
 
 		 1241 aa  473  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.77 
 
 		 1165 aa  471  1.0000000000000001e-131  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1148 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1164 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1169 aa  468  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1148 aa  467  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  41.64 
 
 		 1200 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1146 aa  467  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1148 aa  469  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1148 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1148 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4487  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1233 aa  466  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.751357  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  39.61 
 
 		 1149 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  37.5 
 
 		 1148 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1203 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1164 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  38.3 
 
 		 1234 aa  468  9.999999999999999e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  39.61 
 
 		 1141 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281852 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  40.54 
 
 		 1163 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  39.67 
 
 		 1173 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1164 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>