More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2600 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2600  secretion protein HlyD  100 
 
 		 376 aa  733    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1668  secretion protein HlyD  60.63 
 
 		 409 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.223118  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2348  RND family efflux transporter MFP subunit  57.02 
 
 		 384 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1044  nodulation protein NolF  52.28 
 
 		 395 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.991845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3954  RND family efflux transporter MFP subunit  45.18 
 
 		 413 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0763531  normal  0.0766825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  39.2 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  27.21 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.62 
 
 		 421 aa  99.4  8e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.96 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 396 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 379 aa  95.9  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 359 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  30.12 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 352 aa  93.2  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 379 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  24.47 
 
 		 379 aa  92  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 366 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  27.16 
 
 		 378 aa  92  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 345 aa  92  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 363 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 368 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 387 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 407 aa  91.3  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  24.87 
 
 		 399 aa  90.9  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 377 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  27.9 
 
 		 363 aa  90.5  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 357 aa  90.1  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 354 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  28.66 
 
 		 396 aa  90.5  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 442 aa  89.7  8e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 		 376 aa  89  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.62 
 
 		 367 aa  88.6  2e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 379 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.94 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 442 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  30.42 
 
 		 346 aa  87.4  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 405 aa  87.4  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 392 aa  87  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 370 aa  87  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0237  RND family efflux transporter MFP subunit  30.19 
 
 		 397 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1391  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 401 aa  86.7  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.217202  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  27.69 
 
 		 444 aa  86.3  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  27.13 
 
 		 440 aa  86.3  8e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  26.85 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  27.02 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.33 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  26.85 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.07 
 
 		 380 aa  85.1  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.1 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  26.74 
 
 		 427 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  24.85 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 453 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 390 aa  84.3  0.000000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  26.53 
 
 		 444 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 354 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.19 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  26.54 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  27.34 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26.54 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  26.54 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  25.38 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  36.54 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  26.54 
 
 		 455 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 417 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 415 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  26.21 
 
 		 359 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.14 
 
 		 405 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  26.54 
 
 		 415 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  26.54 
 
 		 415 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.81 
 
 		 416 aa  82.4  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.68 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 435 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  26.13 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>