More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5837 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5837  PAS  100 
 
 
341 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458261  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6023  XRE family transcriptional regulator  43.37 
 
 
372 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2192  XRE family transcriptional regulator  46.4 
 
 
359 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0311386  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1501 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
1344 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.93 
 
 
1068 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 
914 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  32.88 
 
 
704 aa  125  9e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  29.37 
 
 
936 aa  124  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  46.97 
 
 
727 aa  122  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  46.21 
 
 
727 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
987 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 
986 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.94 
 
 
791 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.27 
 
 
862 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
724 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 
1118 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.04 
 
 
1516 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.44 
 
 
1116 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  28.57 
 
 
945 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 
1714 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1808 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
2693 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
1273 aa  110  5e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1237  chemotaxis response regulator (methyltransferase)  28.24 
 
 
1618 aa  109  7.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  31.77 
 
 
1202 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
586 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  31.64 
 
 
1560 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  30.77 
 
 
1182 aa  106  5e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
696 aa  106  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
3706 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  37.31 
 
 
754 aa  105  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  38.81 
 
 
1019 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 
674 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.87 
 
 
1070 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
920 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
767 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.93 
 
 
1278 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.56 
 
 
714 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  38.28 
 
 
1047 aa  103  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  25.19 
 
 
1654 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  27 
 
 
897 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  37.69 
 
 
685 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 
779 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.93 
 
 
1212 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  25.4 
 
 
931 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  27.27 
 
 
872 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  28.62 
 
 
749 aa  99.4  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
645 aa  99.4  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
1013 aa  97.4  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  38.24 
 
 
559 aa  96.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
1009 aa  96.7  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  34.33 
 
 
1289 aa  96.7  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.36 
 
 
958 aa  96.7  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 
1002 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.28 
 
 
1561 aa  96.3  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 
954 aa  96.3  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.95 
 
 
1603 aa  95.9  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1614  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 
873 aa  95.5  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.499982  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  36.09 
 
 
1248 aa  95.1  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.61 
 
 
1342 aa  95.1  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
1001 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  39.13 
 
 
242 aa  95.5  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 
1016 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  31.93 
 
 
918 aa  94.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  36.59 
 
 
161 aa  94.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  26.98 
 
 
1303 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  39.68 
 
 
965 aa  94  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  34.81 
 
 
1226 aa  92.8  7e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  25.55 
 
 
1041 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 
785 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
1669 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 
745 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2070  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 
645 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000789609 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
930 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
547 aa  90.1  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 
1057 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.05 
 
 
707 aa  89  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
1122 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.43 
 
 
1965 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
1109 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
851 aa  87.8  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3217  two-component sensor histidine kinase  25.19 
 
 
725 aa  88.2  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.672415 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
796 aa  87.8  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 
721 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.24 
 
 
1148 aa  87  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
850 aa  87  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  36.72 
 
 
657 aa  86.7  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.55 
 
 
865 aa  86.3  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
1676 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  25.56 
 
 
930 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  31.53 
 
 
1428 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.52 
 
 
1076 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0193  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.37 
 
 
924 aa  85.9  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0289682  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.73 
 
 
1183 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.73 
 
 
1183 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
980 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.15 
 
 
1432 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4198  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
1185 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.996958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 
1350 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>