More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2192 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2192  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
359 aa  741    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0311386  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6023  XRE family transcriptional regulator  48.82 
 
 
372 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5837  PAS  46.4 
 
 
341 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458261  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.79 
 
 
820 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.32 
 
 
1959 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 
1369 aa  140  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.09 
 
 
1267 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.82 
 
 
1785 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.63 
 
 
1333 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.94 
 
 
1363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
1075 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.58 
 
 
640 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  29.78 
 
 
3706 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.03 
 
 
1358 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.27 
 
 
1301 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
904 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.1 
 
 
1079 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 
729 aa  122  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
1501 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
1291 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
1013 aa  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  39.41 
 
 
1121 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.43 
 
 
839 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.05 
 
 
2693 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6593  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
906 aa  112  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  29.14 
 
 
1258 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.33 
 
 
989 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.58 
 
 
990 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1262 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 
1432 aa  109  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0735  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 
396 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  36.07 
 
 
874 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 
695 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.1 
 
 
1120 aa  108  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.98 
 
 
510 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  45.19 
 
 
1129 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1215 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.81 
 
 
1064 aa  106  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
481 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 
919 aa  106  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.96 
 
 
941 aa  106  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  38.1 
 
 
512 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0974  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
916 aa  106  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.27 
 
 
989 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
1516 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  35.39 
 
 
830 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
1557 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2699  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.78 
 
 
1099 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117538 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  37.41 
 
 
512 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  38.98 
 
 
1105 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.45 
 
 
795 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 
962 aa  103  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
821 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  38.98 
 
 
1105 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  38.98 
 
 
1105 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  38.98 
 
 
1105 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  38.98 
 
 
1105 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 
624 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  28.16 
 
 
1182 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  28.89 
 
 
692 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  27.24 
 
 
1225 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.14 
 
 
1105 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  38.14 
 
 
1105 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.9 
 
 
1089 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.24 
 
 
1225 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  46.67 
 
 
1047 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 
806 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
608 aa  100  4e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  46.67 
 
 
1047 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.68 
 
 
1000 aa  100  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
951 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  38.98 
 
 
1117 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2512  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
798 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.505413  normal  0.958019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 
1808 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  36.09 
 
 
427 aa  97.8  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 
930 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  30.18 
 
 
930 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
1093 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
769 aa  96.7  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1206  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
609 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.165467  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1739  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
841 aa  97.1  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.165697  normal  0.509542 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
1093 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 
1406 aa  96.3  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.88 
 
 
994 aa  95.9  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
944 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  28.01 
 
 
1258 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  30.19 
 
 
895 aa  95.9  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3219  putative PAS/PAC sensor protein  28.99 
 
 
793 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.14 
 
 
1057 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  37.04 
 
 
998 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2759  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
591 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.612299  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
771 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  37.04 
 
 
998 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  27.05 
 
 
1099 aa  94.7  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2664  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
590 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191442  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  37.04 
 
 
998 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.45 
 
 
822 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  37.04 
 
 
998 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0331  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
929 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.590564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>