More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3536 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  100 
 
 
161 aa  333  5e-91  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  85.51 
 
 
754 aa  255  2e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  54.47 
 
 
1019 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  47.26 
 
 
1047 aa  138  3e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  46.98 
 
 
704 aa  135  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  44.93 
 
 
1289 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  44.93 
 
 
1248 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  43.71 
 
 
657 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  47.15 
 
 
945 aa  122  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  44.37 
 
 
918 aa  120  6e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.06 
 
 
1116 aa  117  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  45.9 
 
 
936 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.13 
 
 
696 aa  114  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  44.96 
 
 
920 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  43.2 
 
 
1182 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.06 
 
 
1516 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  42.52 
 
 
914 aa  105  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 
791 aa  104  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  35.43 
 
 
847 aa  99  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
980 aa  95.1  3e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5837  PAS  36.59 
 
 
341 aa  94.4  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458261  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.78 
 
 
1278 aa  94  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
954 aa  93.6  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.68 
 
 
862 aa  93.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 
1118 aa  93.2  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
727 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.25 
 
 
958 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1808 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  37.01 
 
 
1202 aa  91.7  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
727 aa  91.7  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0193  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 
924 aa  90.5  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0289682  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.4 
 
 
1212 aa  89.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.83 
 
 
986 aa  89.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.28 
 
 
696 aa  89.4  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  38.14 
 
 
559 aa  89  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  37.29 
 
 
1226 aa  89  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  35.65 
 
 
242 aa  88.6  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
1669 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  40.37 
 
 
545 aa  87.4  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  36.52 
 
 
685 aa  87  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
1714 aa  87  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.2 
 
 
659 aa  86.7  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
547 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
1109 aa  85.1  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 
953 aa  85.5  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  38.26 
 
 
450 aa  85.1  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
1562 aa  85.5  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
1090 aa  84.7  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.03 
 
 
707 aa  84.3  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  36.44 
 
 
1101 aa  83.6  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  33.63 
 
 
965 aa  83.6  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.77 
 
 
953 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
1229 aa  83.6  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.08 
 
 
718 aa  82.4  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  35.19 
 
 
2272 aa  83.2  0.000000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
779 aa  82.8  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
869 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
712 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.338238 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
785 aa  80.9  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  36.76 
 
 
358 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
1654 aa  79.7  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
1676 aa  79.7  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
1432 aa  79  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1501 aa  78.2  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
3706 aa  77.8  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0451  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.81 
 
 
844 aa  77.8  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.323465 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
851 aa  77.4  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
918 aa  77.4  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 
1344 aa  77  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  30.15 
 
 
1561 aa  77  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 
489 aa  77  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.748441  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.59 
 
 
1070 aa  76.3  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
801 aa  75.9  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.62 
 
 
1064 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
645 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  37.4 
 
 
1560 aa  75.5  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1413  putative PAS/PAC sensor protein  36.15 
 
 
1251 aa  75.9  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.629832 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  35.59 
 
 
660 aa  75.1  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.75 
 
 
1006 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.16 
 
 
704 aa  74.7  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 
1084 aa  74.7  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
865 aa  73.9  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  34.38 
 
 
2303 aa  73.6  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
1177 aa  73.6  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3217  two-component sensor histidine kinase  31.11 
 
 
725 aa  73.2  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.672415 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.16 
 
 
704 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  33.86 
 
 
1629 aa  72.8  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
2693 aa  73.2  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2098  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 
547 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000413163 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
713 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
1418 aa  72.4  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.56 
 
 
1330 aa  72.4  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  31.78 
 
 
956 aa  71.2  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
765 aa  70.9  0.000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
616 aa  70.5  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1596 aa  70.5  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0374  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.07 
 
 
840 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  30.43 
 
 
685 aa  70.1  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
1068 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.6 
 
 
745 aa  70.5  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>