More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1313 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  100 
 
 
242 aa  492  9.999999999999999e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 
958 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.28 
 
 
954 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.65 
 
 
1808 aa  111  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 
547 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  33.13 
 
 
685 aa  105  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 
1116 aa  105  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  34.07 
 
 
727 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  34.81 
 
 
727 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
1501 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  39.39 
 
 
965 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 
1118 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.4 
 
 
696 aa  99.8  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
986 aa  99  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.29 
 
 
1122 aa  98.6  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  35.66 
 
 
559 aa  98.6  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.29 
 
 
1212 aa  98.6  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5837  PAS  38.76 
 
 
341 aa  97.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458261  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 
862 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
1516 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 
1676 aa  96.7  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.21 
 
 
446 aa  96.3  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  39.32 
 
 
914 aa  95.1  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
953 aa  95.1  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.56 
 
 
718 aa  94.7  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  34.06 
 
 
918 aa  94  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  31.48 
 
 
2303 aa  94  2e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  33.11 
 
 
754 aa  93.2  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 
1344 aa  93.2  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
2693 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  35.47 
 
 
1182 aa  92.8  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.06 
 
 
791 aa  92  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  27.88 
 
 
704 aa  91.7  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  30.41 
 
 
936 aa  91.3  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  33.61 
 
 
1019 aa  91.3  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 
688 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
489 aa  90.5  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.748441  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
3706 aa  90.5  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  38.1 
 
 
338 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
1714 aa  89.7  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 
699 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  30.77 
 
 
161 aa  89.4  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.05 
 
 
1297 aa  88.6  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  31.61 
 
 
1275 aa  88.6  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  28.57 
 
 
1417 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  32.12 
 
 
1248 aa  87.8  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 
920 aa  87.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
865 aa  87.4  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.48 
 
 
1064 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  33.08 
 
 
358 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
1669 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
695 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  36.36 
 
 
338 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 
1051 aa  87  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
575 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  35.54 
 
 
338 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  28.22 
 
 
2279 aa  86.7  3e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1090 aa  86.3  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  27.73 
 
 
1418 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  32.8 
 
 
545 aa  85.5  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  34.88 
 
 
1202 aa  85.1  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.62 
 
 
1006 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  30.97 
 
 
1099 aa  85.1  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.28 
 
 
953 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
1168 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
752 aa  83.2  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  32.2 
 
 
945 aa  82.8  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  30.95 
 
 
1047 aa  82.8  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
673 aa  82.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.68 
 
 
707 aa  82.4  0.000000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0193  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.22 
 
 
924 aa  82.4  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0289682  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  28.19 
 
 
1289 aa  82  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.98 
 
 
1009 aa  82  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  31.9 
 
 
1226 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 
1654 aa  81.3  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.95 
 
 
745 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
1177 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  29.71 
 
 
930 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  27.67 
 
 
1561 aa  80.9  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.11 
 
 
953 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  27.61 
 
 
2272 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.61 
 
 
1275 aa  80.5  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  29.1 
 
 
865 aa  80.1  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
1273 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 
1659 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1039  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 
1259 aa  80.1  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
801 aa  80.1  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  29.31 
 
 
1101 aa  79.3  0.00000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.6 
 
 
1068 aa  79.3  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
1229 aa  79.3  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
785 aa  79  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
547 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 
1432 aa  79  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
1596 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.92 
 
 
1070 aa  79.3  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2098  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 
547 aa  79  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000413163 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
1148 aa  78.6  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 
616 aa  78.6  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  28.93 
 
 
1629 aa  77.8  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  29.08 
 
 
659 aa  77  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>