More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5399 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  100 
 
 
338 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  83.73 
 
 
338 aa  556  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  83.73 
 
 
338 aa  556  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  39.94 
 
 
340 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  40.24 
 
 
340 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  37.35 
 
 
366 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  39.88 
 
 
341 aa  203  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
359 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  31.86 
 
 
361 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
1501 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
1654 aa  90.9  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  36.84 
 
 
242 aa  90.9  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 
1808 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.04 
 
 
1344 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  27.17 
 
 
914 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
953 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1148 aa  83.6  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 
1013 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
1669 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
953 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 
1676 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 
1051 aa  80.9  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
2693 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.31 
 
 
1432 aa  80.1  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.02 
 
 
958 aa  80.1  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  31.78 
 
 
1226 aa  79.7  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  30.36 
 
 
704 aa  79.3  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
3706 aa  79.3  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
1118 aa  79  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  37.8 
 
 
920 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.02 
 
 
951 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  27.11 
 
 
727 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
695 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.55 
 
 
1297 aa  76.3  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
1273 aa  76.3  0.0000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.35 
 
 
791 aa  75.9  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 
446 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
1116 aa  75.9  0.0000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  29.92 
 
 
547 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  30.16 
 
 
2303 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  24.08 
 
 
1182 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  29.75 
 
 
358 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
793 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
1229 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.31 
 
 
1070 aa  75.1  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  34.29 
 
 
1248 aa  74.3  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 
1714 aa  74.3  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
765 aa  73.9  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
851 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  35.24 
 
 
728 aa  73.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  26.42 
 
 
727 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 
575 aa  72.8  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  27.85 
 
 
1101 aa  72.4  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  25.47 
 
 
1289 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.95 
 
 
954 aa  72.4  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
745 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 
1596 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  30.37 
 
 
918 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
767 aa  71.2  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  31.62 
 
 
1275 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  26.32 
 
 
685 aa  70.5  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  31.45 
 
 
956 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  33.02 
 
 
936 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  29.13 
 
 
2279 aa  69.7  0.00000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  31.09 
 
 
1202 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 
1516 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.15 
 
 
953 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
1125 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
728 aa  69.7  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.3 
 
 
1278 aa  69.3  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
1120 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
773 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  31.93 
 
 
1125 aa  69.3  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 
1015 aa  69.3  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
986 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  34.68 
 
 
1561 aa  68.9  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.35 
 
 
1275 aa  68.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  31.11 
 
 
749 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  28.67 
 
 
2272 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 
674 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 
998 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.09 
 
 
1103 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
686 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  31.06 
 
 
1099 aa  67.4  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  25.09 
 
 
1092 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.3 
 
 
1064 aa  67.8  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 
865 aa  67  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.68 
 
 
766 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.36 
 
 
977 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
1090 aa  67.4  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  30.34 
 
 
2361 aa  66.6  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  31.86 
 
 
657 aa  66.2  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 
696 aa  66.2  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  32.23 
 
 
545 aa  66.2  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
752 aa  66.2  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  25.4 
 
 
586 aa  66.2  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  32.19 
 
 
658 aa  65.9  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  26.24 
 
 
691 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  24.44 
 
 
691 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  31.07 
 
 
1047 aa  65.1  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>