More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3594 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
361 aa  709    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  37.06 
 
 
359 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  33.33 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  33.33 
 
 
338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.47 
 
 
1013 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  29.8 
 
 
1225 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.39 
 
 
1225 aa  106  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  32.92 
 
 
338 aa  105  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  40.22 
 
 
188 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2512  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
798 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.505413  normal  0.958019 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 
1215 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  28.75 
 
 
624 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  31.25 
 
 
340 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  31.25 
 
 
340 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 
582 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.93 
 
 
944 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
1059 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
1125 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
1273 aa  90.5  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  31.3 
 
 
1125 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.13 
 
 
1057 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.21 
 
 
1103 aa  89  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 
1808 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  30.21 
 
 
1092 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  28.23 
 
 
366 aa  87  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
941 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  28.1 
 
 
1182 aa  83.2  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.2 
 
 
1120 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.39 
 
 
869 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0570546 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
1297 aa  82.4  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 
603 aa  82  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
3706 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 
1406 aa  81.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.2 
 
 
1076 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
1002 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3558  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
984 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.299477 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
770 aa  79  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
886 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4217  PAS sensor protein  31.75 
 
 
792 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423052  normal  0.639944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4587  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 
803 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0699795  normal  0.0670662 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1432 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.14 
 
 
1423 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  32.87 
 
 
1428 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
939 aa  74.7  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.45 
 
 
1036 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.88 
 
 
1068 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  27.83 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
1001 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
1194 aa  73.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 
632 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
1011 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  31.02 
 
 
1041 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 
1016 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4734  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 
798 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00660973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 
657 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 
693 aa  72  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2995  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.34 
 
 
1002 aa  72.4  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.175208  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  28.92 
 
 
733 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5910  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 
739 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  25 
 
 
1303 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 
632 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9041  two component sensor kinase/response regulator hybrid  28.73 
 
 
701 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.44 
 
 
1124 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4198  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 
1185 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.996958 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 
1002 aa  70.1  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2159  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
796 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.758044 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1552  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.32 
 
 
947 aa  70.5  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.89 
 
 
1065 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.07 
 
 
688 aa  69.7  0.00000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  31.78 
 
 
632 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4235  signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
496 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.942064  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2672  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 
991 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
828 aa  69.3  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.419482 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
941 aa  69.3  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
728 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  28.36 
 
 
711 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6264  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  45.26 
 
 
1163 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  31.1 
 
 
728 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0367  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
507 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2200  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 
678 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.541226  hitchhiker  0.00764394 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  22.27 
 
 
931 aa  68.2  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
636 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.29 
 
 
964 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  26.42 
 
 
1065 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
1501 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
762 aa  67.4  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
1015 aa  67  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2138  putative PAS/PAC sensor protein  36.44 
 
 
386 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0223192  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  33.64 
 
 
670 aa  66.2  0.0000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
864 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  32.62 
 
 
700 aa  66.6  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3111  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
423 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.019274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2978  PAS  32.73 
 
 
424 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317341  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3055  putative PAS/PAC sensor protein  22.83 
 
 
561 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.618146  normal  0.669916 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 
1000 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
814 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0108  PAS sensor protein  27.94 
 
 
620 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.13 
 
 
692 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
519 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.65 
 
 
832 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>