162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2489 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  100 
 
 
366 aa  738    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  40.43 
 
 
340 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  39.82 
 
 
340 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  37.95 
 
 
338 aa  206  6e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  37.65 
 
 
338 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  37.35 
 
 
338 aa  204  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  38.25 
 
 
341 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  28.45 
 
 
359 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  28.75 
 
 
361 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 
1148 aa  82.4  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  32.5 
 
 
918 aa  73.2  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.08 
 
 
958 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.35 
 
 
1501 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
1118 aa  68.9  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  33.85 
 
 
920 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
954 aa  67  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1552  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.33 
 
 
947 aa  66.2  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
547 aa  66.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  23.87 
 
 
1182 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  31.93 
 
 
450 aa  65.1  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  30.97 
 
 
242 aa  64.3  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 
1273 aa  62  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.55 
 
 
1808 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
1516 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  28.7 
 
 
2272 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.73 
 
 
446 aa  61.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  23.19 
 
 
3706 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  29.5 
 
 
1101 aa  60.1  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.12 
 
 
1432 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  30.56 
 
 
728 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  23.39 
 
 
914 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  33.04 
 
 
1202 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  26.63 
 
 
1226 aa  58.2  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
1009 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
1669 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  23.96 
 
 
1714 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  21.49 
 
 
1099 aa  57  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.14 
 
 
1344 aa  56.2  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.38 
 
 
696 aa  56.2  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  49.3 
 
 
88 aa  56.2  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.03 
 
 
1013 aa  56.2  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  27.93 
 
 
704 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  23.12 
 
 
754 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.19 
 
 
1278 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.89 
 
 
718 aa  55.5  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28 
 
 
1068 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  28.7 
 
 
2279 aa  55.5  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1297 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.19 
 
 
1116 aa  55.5  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 
1177 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
728 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
1426 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
1124 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
1654 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
494 aa  54.7  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
953 aa  54.3  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  27.88 
 
 
161 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.66 
 
 
695 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 
154 aa  53.5  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.2 
 
 
1070 aa  53.5  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.99 
 
 
1561 aa  53.1  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5316  multi-sensor hybrid histidine kinase  28 
 
 
1069 aa  53.1  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72275  normal  0.481403 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 
712 aa  52.8  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.338238 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  25.22 
 
 
945 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.29 
 
 
791 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  29.91 
 
 
358 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  26.16 
 
 
586 aa  52  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  25.44 
 
 
2303 aa  52.8  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  31.19 
 
 
733 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  25.81 
 
 
1125 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 
1596 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1303  transcriptional regulator, LuxR family  27.93 
 
 
442 aa  52.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0533222  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.81 
 
 
1125 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  26.55 
 
 
727 aa  52.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
773 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
817 aa  51.6  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2564  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  25.18 
 
 
1089 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
527 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.4 
 
 
1274 aa  50.8  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3217  two-component sensor histidine kinase  23.01 
 
 
725 aa  51.2  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.672415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  22.75 
 
 
545 aa  51.2  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.49 
 
 
1090 aa  51.2  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 
822 aa  50.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.75 
 
 
1965 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1039  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
1259 aa  51.2  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  26.55 
 
 
727 aa  51.2  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1372  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
1362 aa  50.8  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.31 
 
 
862 aa  50.4  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  39.76 
 
 
267 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  39.76 
 
 
276 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
1121 aa  49.7  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
1229 aa  49.7  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.11 
 
 
705 aa  49.7  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 
575 aa  49.7  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.26 
 
 
1122 aa  49.7  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  24.07 
 
 
2693 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  46.88 
 
 
82 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0956  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
600 aa  49.3  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  27.03 
 
 
559 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.55 
 
 
953 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>