More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4859 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  100 
 
 
338 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  98.22 
 
 
338 aa  667    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  83.73 
 
 
338 aa  556  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  39.47 
 
 
340 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  39.47 
 
 
340 aa  222  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  37.65 
 
 
366 aa  210  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  38.91 
 
 
341 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 
359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  32.6 
 
 
361 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1501 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  36.84 
 
 
242 aa  87.4  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 
1148 aa  85.5  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 
1344 aa  82  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.11 
 
 
958 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
1669 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
1654 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.92 
 
 
953 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.1 
 
 
1808 aa  79.7  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  30 
 
 
1226 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  24.91 
 
 
1182 aa  77.4  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  31.25 
 
 
704 aa  77.4  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.54 
 
 
953 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
1116 aa  76.3  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 
1051 aa  76.3  0.0000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
2693 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.43 
 
 
1013 aa  75.5  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
1273 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 
1676 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  34.4 
 
 
920 aa  74.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
1297 aa  73.9  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  27.33 
 
 
3706 aa  73.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  24.85 
 
 
914 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.95 
 
 
954 aa  73.2  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.25 
 
 
446 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
1714 aa  72.8  0.000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  37.38 
 
 
728 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
1229 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  30.77 
 
 
1289 aa  70.9  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
1432 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 
765 aa  70.9  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  28.35 
 
 
2303 aa  70.1  0.00000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  25.12 
 
 
1101 aa  70.1  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 
1118 aa  69.3  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 
547 aa  69.3  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.04 
 
 
951 aa  69.3  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  31.07 
 
 
727 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  26.01 
 
 
358 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 
745 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  23.88 
 
 
685 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 
695 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  34.4 
 
 
956 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  29.52 
 
 
1248 aa  68.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  28.04 
 
 
2272 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
752 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.85 
 
 
1215 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  28.67 
 
 
2279 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  33.06 
 
 
1561 aa  67.4  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.95 
 
 
795 aa  67.8  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.228463 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0905  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 
774 aa  67.4  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.226148  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 
728 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
686 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
998 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
986 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1120 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.58 
 
 
791 aa  67  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
1516 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.85 
 
 
1225 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
1125 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.81 
 
 
1064 aa  66.2  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 
1015 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  27.22 
 
 
1225 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.51 
 
 
718 aa  65.9  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  31.36 
 
 
1125 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  22.9 
 
 
727 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 
575 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
1009 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  32.39 
 
 
1092 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  33.6 
 
 
827 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.12 
 
 
865 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  28.95 
 
 
450 aa  65.1  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
793 aa  64.7  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  32.14 
 
 
847 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.39 
 
 
1103 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  27.83 
 
 
1047 aa  64.3  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.24 
 
 
696 aa  64.3  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  29.93 
 
 
749 aa  63.9  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.63 
 
 
1596 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.03 
 
 
1965 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  31.3 
 
 
965 aa  63.5  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.38 
 
 
673 aa  63.5  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
1167 aa  63.5  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.16 
 
 
1275 aa  63.2  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  29.52 
 
 
936 aa  62.8  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  26.98 
 
 
586 aa  62.8  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  26.36 
 
 
918 aa  62.8  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 
830 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
977 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.48 
 
 
688 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 
953 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  26.77 
 
 
1099 aa  61.6  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>