More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1581 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  98.53 
 
 
340 aa  670    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  100 
 
 
340 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  39.59 
 
 
338 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  39.82 
 
 
366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  39.47 
 
 
338 aa  212  7e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  39.17 
 
 
338 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  36.87 
 
 
341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 
1501 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 
359 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  31.08 
 
 
361 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  27.52 
 
 
1182 aa  92.8  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.39 
 
 
1148 aa  86.7  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  30.62 
 
 
1099 aa  83.2  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
1013 aa  81.6  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.51 
 
 
958 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.06 
 
 
953 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 
953 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.66 
 
 
1278 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  27 
 
 
1654 aa  78.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.62 
 
 
1432 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
1808 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
1669 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  28.57 
 
 
1125 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1125 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
1118 aa  76.3  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 
1122 aa  76.3  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 
3706 aa  76.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  34.87 
 
 
242 aa  75.5  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.25 
 
 
1051 aa  73.6  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.67 
 
 
1344 aa  72  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 
1297 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
1116 aa  72.4  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 
1273 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  31.4 
 
 
727 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 
727 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  23.79 
 
 
936 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
2693 aa  70.1  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 
547 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
862 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  33.87 
 
 
1202 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.74 
 
 
446 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.8 
 
 
1120 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.91 
 
 
696 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
745 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
1676 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  32.5 
 
 
1629 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.77 
 
 
1084 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  23.76 
 
 
545 aa  68.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  34.21 
 
 
358 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  24.56 
 
 
945 aa  67  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  29.17 
 
 
2279 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  34.38 
 
 
920 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 
1212 aa  66.2  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.48 
 
 
954 aa  66.2  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2512  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
798 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.505413  normal  0.958019 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
935 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  28.19 
 
 
914 aa  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
779 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.94 
 
 
718 aa  65.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  23.58 
 
 
1248 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
1191 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
1965 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
1009 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
752 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
935 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
547 aa  63.5  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.05 
 
 
1064 aa  63.5  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1068 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
765 aa  63.5  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2098  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
547 aa  63.2  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000413163 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  29.51 
 
 
754 aa  63.2  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.62 
 
 
969 aa  62.8  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  28.33 
 
 
659 aa  62.8  0.000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  29.86 
 
 
450 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  28.33 
 
 
2272 aa  62  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  29.2 
 
 
2303 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2192  XRE family transcriptional regulator  26.81 
 
 
359 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0311386  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  25.62 
 
 
1178 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
1714 aa  61.2  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
695 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  25.88 
 
 
749 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
551 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.21 
 
 
823 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  28.23 
 
 
1101 aa  60.5  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 
1478 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
682 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  27.2 
 
 
657 aa  59.7  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
793 aa  60.1  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0374  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 
840 aa  59.7  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
512 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
1003 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.17 
 
 
1418 aa  59.7  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.71 
 
 
575 aa  59.7  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 
1090 aa  59.3  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
712 aa  59.3  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.338238 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
626 aa  58.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  31.09 
 
 
965 aa  58.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  28.18 
 
 
161 aa  58.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
896 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.942872  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.62 
 
 
1003 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>